爱丽丝（米拉·乔沃维奇 饰）被保护伞公司实验室复制，成了伊萨克博士（伊恩·格雷 饰）的研究标本。因为她体内的DNA可以对抗T-病毒，所以博士以此来提升僵尸的杀伤力。爱丽丝接到了人类的求救信号，但却中了奸计，几经拼杀，方才自救。她如释重负，然而在睡梦中，她却强烈地感受体内强大力量的召唤，显然保护伞公司实验室对她做了手脚。而且，伊萨克博士还给僵尸注入了人类血液，激活其人类的心智。僵尸变得更强大，根本无法被控制，他们残忍地杀害了实验室助手，被训练对付爱丽丝。3年后，地球成了不毛之地。内华达州的幸存者结成了同盟，爱丽丝也在其中，但是她不敢表露身份，因为实验室给了她超能力，同时也让她被迫做了间谍。爱丽丝被孤立，只有卡洛斯懂得她的苦衷，二人也因此陷入了暧昧之中……

7年前，一颗核弹将浣熊市的一切隐藏在历史之中。7年后的今天，美国中西部城市哈佛维尔，参议员朗•戴维斯因群众抗议其与威法玛公司的关系而被困飞机场。正当他乔装打扮准备离开之时，一位抗议者咬死了参议员的警卫。这位抗议者竟然是T病毒感染者！“浣熊市事件”幸存者， 克莱尔•雷德菲尔德在机缘巧合下救出议员，不想这时一架飞机冲向候机大厅。推开机门的，竟是一个个T病毒感染者！政府迅速采取对策，里昂•S•肯尼迪——“浣熊市事件”的另一位幸存者，奉命前来支援。浣熊市的悲剧是否会重演？事件的幕后黑手又在盘算什么样的阴谋？根据游戏改编的全CG电影《生化危机：恶化》将作出解答。

隶属于BASS的佣兵克里斯（凯文·道尔曼 Kevin Dorman 配音）奉命前往某处洋馆调查武器走私案件，哪知道在那里遇见了国际通缉犯格伦（约翰·德米塔 John DeMita 配音），两人交手数回合之后，格伦夺路而逃。
大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。

1991年，苏联解体，原隶属苏联体系下的社会主义国家纷纷宣布独立，东斯拉夫共和国正是众多新生国家中的一员。然而东斯拉夫两极分化严重，社会严重失衡，反叛军与政府军进行了长达十数年的战争。时间进入21世纪，双方的战争愈演愈烈，甚至传闻已有“怪物”加入进来，战争开始朝着不确定的方向发展。为了调查生化武器的实情，里昂获命来到东斯拉夫。混乱之中，他被反叛军抓获，可是遭到寄生虫操控的人类很快冲击了他们的栖息地和城市。与此同时，艾达也抱着神秘目的来到东斯拉夫。战争毁灭了一切，滋养着恶魔，里昂能否阻止事态进一步恶化呢……
本片根据经典同名电子游戏改编。

爱丽丝在华盛顿特区被威斯克背叛后身陷险境，人类几乎要失去最后的希望。作为唯一的幸存者，也是人类对抗僵尸大军的最后防线，爱丽丝必须回到噩梦开始的地方——浣熊市，才能完成拯救世界救赎人类的正义使命。回归故事发生的起点浣熊市，爱丽丝将和昔日的朋友一起对抗僵尸和最新变种怪物，与保护伞公司展开一场惊心动魄的终极决战。

为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心——蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统“红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难……四小时后，蜂巢安保人员爱丽丝（米拉·乔沃维奇 饰）在蜂巢出口醒来，并且因为催眠气体而失忆。一支受命关闭红色女王的特种小队来到此处，与爱丽丝、自称警察的安德森，以及蜂巢工作人员帕克斯组队深入地下。一行人因任务目标与红色女王冲突而先后遭遇保卫系统和丧尸的连番袭击，而爱丽丝渐渐恢复的记忆揭示了她与同行者非同一般的联系……

十年前，人类为自己的愚蠢付出惨痛代价，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆尽。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒（安迪·瑟金斯 饰）带领猿族伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猿族的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电站提供能源。青年科学家马尔科姆（杰森·克拉科 饰）试图说服聚集地负责人德里弗斯（加里·奥德曼 饰），希望通过和平手段取得猿族部落的信任和同意。然而凯撒的好盟友科巴（托比·凯贝尔 饰）却无法摒除对人类的憎恨，他尝试着挑战者凯撒的权威。
人类和猿族，双方小心翼翼试探，而战争在所难免……

凯撒（安迪·瑟金斯 饰）领导的猿族将被迫与残暴的Colonel（伍迪·哈里森 饰）领导的人类军队上演一场生死大战。猿族在战斗中遭遇了前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与Colonel面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。