一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？

大都市梅陀宝丽斯，被称之为本时代进步象征的超级摩天大厦正在举行落成典礼。手握本市实权的RED先生（石田太郎 配）台上演讲正酣，台下一名黑衣青年男子ROCK（冈田浩晖 配）却在警备重重下公然拔枪杀人，群众一阵哗然骚乱。目睹此事的日本侦探伴俊作，携外甥剑一（小林桂 配），开始进行全市的追凶调查。但是ROCK被判明只是射杀了机器人，凶手若无其事的离去了。
梅陀宝丽斯由先进的地上部分和颓败的地下部分构成二重结构的都市体系，在这个城市生存的人类中间，有从高度发达的机器人世界中受益，享受文明技术优越性的人，也有反之被机器人夺走工作无以糊口的人，还有要求让机器人同样享有人权自由的群众团体。随着调查的深入，实施的真相渐渐浮出水面，机器人和人类最终是一起平等生存，还是一起毁灭……
本片改编自手冢治虫出版于1949年的同名漫画。

「Z」是一家商业生化计算机公司的硬件产物，为剧中所谓的「第六世代计算机」，它比拥有 A.I.人工智能的「第五世代计算机」等级还要高，原因即是不仅拥有基本的A.I.人工智能，同时还可以自我学习而进化。但由于这家商业生化计算机公司会设计制造出这种计算机，并不因为该公司拥有造福人群的伟大情操，商业的最终目的还是在于军事用途上，所以背着厚生省（卫生署）暗自将这种新世代计算机改装成专门照顾无自我能力的老人病床，藉此测试计算机的自我进化功能。

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……

小女孩欧吉蒂（又译：吉茜娜）因好奇而带着大肥猫走进座钟后的迷宫之门，在广阔的迷宫通道里追随着白衣小丑的影子，就此成为两个故事的旁观者。这两个故事一个关于世界知名的赛车受杰克?休，他汽车拉力赛中的死因成迷：另一个关于被派往444号工程传达停工命令的杉冈勉，身处大量失控机器人中的他是工程中唯一的人类，当他决定毁掉一切阻止工程的时候，上司却发来了可继续支持工程的命令……
原名《Manie—Manie 迷宫物语》。是一部实验性质的动画作品，由《迷宫物语》、《狂奔的男人》、《工事中止命令》三个小故事组成，各部分风格迥然不同，情节也各自独立，因此作品整体谈不上完整的情节叙述，只以小女孩为视线贯穿鲜有对白的群片。
片中的每个故事由不同的制作人员负责，因此从人物设定到表现手法及配乐都大相径庭。全间充斥着语言般的隐喻，超现实与写实的表现手法互相融合，使作品从始至终弥漫着一种迷离而诡异的氛围。此外，3个部分的映像效果都十分精美，对细节的把握也十分出色。

　　1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。
　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到，将那位矮个男子与铁雄一起收押。
　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。