音无结弦（神谷浩史 配音）死后来到了死后的世界。醒来后发现在一座学校里，一名叫仲村由里（樱井浩美 配音）的女孩让他加入“无法容忍死掉战线”组织，简称 SSS。他们的任务就是要和敌人 —— 神的代表学生会长天使立华奏（花泽香菜 配音）作战。由里是这条战线的领袖，只要反抗天使就能继续存在，消灭天使就能获得世界。还没恢复记忆的音无只好答应加入她们的组织，但是他发现天使刀枪不入，他们都是不会受伤和死亡的。所谓敌人和战斗都是针对天使立华奏一个人的。音无还没恢复记忆，他不清楚这样的行为是不是正当的。真相慢慢被揭穿，年轻的生命们早早夭折，到底是神的恶意玩笑还是另有安排。

为了拯救危难中的村民，阿斯达卡的右手中了凶煞神的诅咒。达卡只好离开亲人往西方流浪以寻找解除诅咒的方法。旅途中他遇到了由幻姬大人带领的穷苦村民在麒麟兽的森林里开采铁矿，提炼矿石。 白狼神莫娜和她养大的人类女孩“幽灵公主”桑对幻姬恨之入骨，因为她们觉得幻姬带领众人破坏了森林。想帮助人类的阿斯达卡被桑深深吸引，他理解她，但为了帮助穷人又不得不和她作战。一次战斗中，阿斯达卡被麒麟兽所救，他的立场更加摇摆不定。 这时，以疙瘩和尚为首的一群人来杀麒麟兽，幻姬以火枪击毙了麒麟，麒麟的头被疙瘩和尚抢走。愤怒的麒麟的灵魂为夺回自己的头，大肆破坏着森林。阿斯达卡和桑联手决定帮麒麟夺回头颅。

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。
在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。
来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

露西生来就与常人有异，她头上长着两个犄角，生有四只隐形的手，体内蕴藏着巨大的力量，人们管她这样的孩子叫作异种人。从小就被人抛弃排挤的露西一直非常孤独，直到她遇到浩太才渡过了非常愉快的几天。然而随着体内载体的呼唤，她渐渐还是显露出杀人魔的本性，并被研究所拘捕监禁。八年后，露西从研究所里逃出来，却由于脑部重创失忆，成为“白痴少女”。此时的浩太也由于儿时的重大打击选择性失忆，两人再次相遇，浩太把露西当作陌生人收留下来。穿插着两人断断续续的回忆，故事渐渐走向了两个极端。