童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。
本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。

1000年后的世界，日本的孩子们正不断地消失，只存在想象中的恐怖动物与人类展开殊死战斗。反乌托邦式的未来超级社会“新世界”，是口吐真言凭藉“咒力”就能移动物体的人类，与有着等同于普通人智力的生物“化鼠”共存的世界。乍看之下一切和平，但“新世界”的孩子们的行动被彻底地控制和管束着，不合适的记忆被消去，被认为有问题的孩子，如同不良产品般被分开处理。因为一些违反规则的小事而莫名地失去不少朋友的主人公渡边早季，卷进了人类与化鼠之间的战争。