星历2988，巴兰谢公（田中秀幸 配音）成功研制出新型Fatima（拥有女性外表的机器人）拉克西丝（川村万梨阿 配音）和克罗索（佐久間レイ 配音），他召开盛大华贵的发布会，连传奇整备士雷帝欧斯·苏普（堀川亮 配音）也应邀参加。但在发布会开始前，克罗索在拉克西丝的帮助下逃跑，引起一阵混乱。最终寇拉斯三世（井上和彦 配音）救下克罗索，而后者也将寇拉斯认定为自己的主人。虽则如此，邪恶贪婪的尤巴大公（永井一郎 配音）不愿遭受如此挫败，他时刻企图将克罗索和拉克西丝纳为自己的私人物品。一场关乎贪婪和欲望的争夺……
本片根据日本漫画家永野护的同名原作改编。

2075年，随着人类对太空的不断开发，太空垃圾成为了社会问题。这些被废弃的卫星、火箭零件之类的碎片围绕着轨道运转，危及周围的太空站和航天船的安全。星野八郎太（田中一成 配音）所在的残骸课，就是专门负责回收或清除太空垃圾的部门。
田名部爱（雪野五月 配音）是一个刚刚进入宇宙工作的新人，她怀着满腔热情加入了Technora公司的残骸课，却发现理想与现实有极大的差距，残骸课成员一副吊车尾的样子让她深受打击。该部门还被称为“半课”，因为垃圾回收效益不高，不受公司重视，所以人员只有其他课的一半。她被安排和星野八郎太组队，面对这个奇怪的前辈“缠头八”，她也是满口不愿意。然而在一次次与宇宙的接触中，她开始逐渐了解残骸回收工作，她也了解到同事们看似吊儿郎当、实际上让人信任的品质，她开始慢慢融入“半课”……

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。
身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。
现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。

帕拉蒂姆城里的所有人都失去了40年前的记忆，而居民们用头脑中留下的文明和道德观念维系着这个失忆之城。谈判专家ロジャー·スミス自救下机器人R·ドロシー·ウェインライト后又经历了一系列的冒险，渐渐接近了这个世界的真实……