某晚，中央城爆发激战，闪电侠巴里·艾伦（贾斯汀·钱伯斯 Justin Chambers 配音）和超人、蝙蝠侠、戴安娜、绿灯侠等正义联盟的伙伴们与来自25世纪的急速教授及其爪牙镜子大师、陀螺、速冻队长你来我往，最终将这群恶棍绳之于法。分别时刻，急速教授的一番话触动巴里心底最敏感的地方。在此之后，似乎一切都发生变化。他一觉醒来，发现无赖帮们继续为非作歹，自己则意外丧失了变身闪电侠的能力，更令他出乎意料的是本应在童年被盗贼杀害的母亲竟然活着出现在他面前。全世界仿佛也天翻地覆，戴安娜率领的亚马逊人以及亚特兰蒂斯阴谋毁灭世界，布鲁斯死去，他的父亲托马斯·韦恩则以粗暴的蝙蝠侠身份出现。
从未存在过的正义联盟，世界灭亡的前夕……

高谭市接二连三发生绑架案，嫌疑人都指向了蝙蝠侠。蝙蝠侠（杰森·奥玛拉 Jason O'Mara 配音）和绿灯侠（贾斯汀·柯克 Justin Kirk 配音）分头找到真凶的线索，对方留下一个神秘仪器后自爆。为了解开仪器的秘密，二人出发寻找超人（艾伦·图代克 Alan Tudyk 配音）希望弄清真相。当他们正逼近事实时，仪器突然启动，原来这是某个外星入侵者设置的时空通道装置，大批外星人通过它开始侵略地球。与此同时，斯通博士也就神秘仪器展开调查，斯通博士的儿子维克（谢默·摩尔 Shemar Moore 配音）意外被仪器感染，死而复生化身拥有强大实力的超级战士。
史无前例的危机，蝙蝠侠、超人、绿灯侠、闪电侠（克里斯托弗·高哈姆 Christopher Gorham 配音）、黛安娜（米歇尔·莫娜汉 Michelle Monaghan 配音）相继卷入战斗……

能力越大，责任越大。蜘蛛侠彼得·帕克在全力和犯罪、灾难做斗争的同时，终于迎来了毕业的时刻。可是曾经的一段心结，让他和女友格温·斯黛西的关系降至冰点。格温应聘于为全城提供电力的奥斯本集团公司，同一期间发生的两件事，不由得左右这家公司和彼得等人的命运。奥斯本的掌门人病故，他的儿子哈利以20岁的年龄接受这家市值2000亿美元的巨无霸公司。另一方面，极度崇拜蜘蛛侠的电力工程师麦克斯在维修机组时意外身亡，当他再度醒来时发现自己变成了全身充满电能的超人类。感到受了欺骗的麦克斯与蜘蛛侠在时代广场展开对决，而彼得和哈利的友情也将遭到命运的戏弄。

菲斯克的残暴统治时期划下句号后，地狱厨房表面上恢复了往日的安宁，但邪恶之根却并未全部去除，一些犯罪余党仍然躲在城市阴暗角落中，准备一举夺下菲斯克留下的势力。然而，螳螂捕蝉、黄雀在后，一个全副武装的神秘侠客“惩罚者”，开始靠一己之力清扫恶势力，但由于暴力手段而引起马特的注意。当马特设法和他接触时，开始慢慢发现他其实受过某种创伤而沦为如此。另一方面，马特的一位“旧情人”突然回归，并说服他一同对抗一个来自日本的神秘组织。马特一边要应对惩罚者的暴力执法，也要尽全力对付潜在的威胁。

检察官哈维·登特（艾伦·艾克哈特 Aaron Eckhart 饰）死后的八年间，哥谭市在戈登警长（加里·奥德曼 Gary Oldman 饰）的努力下有效地遏制了犯罪活动。而蝙蝠侠布鲁斯·韦恩（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）因为背负谋杀登特的罪名，被 警方通缉，在哥谭市销声匿迹。然而，这看似平静的状态被恐怖分子贝恩（汤姆·哈迪 Tom Hardy 饰）的出现打破，他利用猫女（安妮·海瑟薇 Anne Hathaway 饰）偷取布鲁斯的指纹，致使韦恩集团面临破财，布鲁斯被赶出董事会。为了保证韦恩集团投资的能源项目不被坏人利用制造核弹，布鲁斯帮助米兰达（玛丽昂·歌迪亚 Marion Cotillard 饰）成为董事会主席。贝恩接下来一连串精密设计的计划将哥谭市陷入孤绝之境，毁灭之日指日可待。布鲁斯只能再次肩负起拯救哥谭的重任，然而至亲的管家阿福辞职离开、猫女的背叛、贝恩的凶残手段，爱人米拉达的真实面目露出，都让他拯救哥谭的行动变得不可能……

这是一个超能力者和普通人共存的世界，祖国人、火车头、深海、梅芙女王、透明人和玄色隶属于全球最大的超级英雄公司沃特集团，在帮助政府惩奸除恶维护世界和平的同时，他们也以偶像的身份帮助公司赚取了难以计数的利润。休伊是一个平凡的男孩，她的女友死于一场意外，而这场意外的制造者正是火车头。休伊不愿意接受沃特公司潦草的致歉和赔偿，决定替女友报仇。

彼得帕克（汤姆·赫兰德 Tom Holland 饰）在内战后受到了钢铁侠托尼斯塔克（小罗伯特·唐尼 Robert Downey Jr. 饰）的赏识，表面上，彼得进入托尼的公司成为了一名实习生，实际上，他和复仇者联盟的成员们一起接受了各种各样的训练。托尼虽然欣赏彼得的勇敢和正直，却并不认为他目前已经拥有加入复联的实力，他派出了特工哈皮（乔恩·费儒 Jon Favreau 饰）暗中观察，这让十分想证明自己的彼得感到万分焦躁。
在对付两个银行劫匪的过程中，彼得发现劫匪们使用的是一种前所未见的新型武器，他孤身一人深入敌后顺藤摸瓜找到了幕后主使秃鹰（迈克尔·基顿 Michael Keaton 饰），让他彼得没有想到的是，秃鹰竟然是他爱慕的女生利兹（劳拉·海瑞尔 Laura Harrier 饰）的父亲。

橘濑户花（土屋太凤 饰）是一名活泼可爱的高中女生，一天，她鼓足了勇气向剑道部的铃木告白，谁知道遭到了对方的拒绝。截止到目前为止，这已经是橘濑户花第12次告白失败了，百思不得其解的橘濑户花决定向铃木问个明白，才知道原来自己一直差劲到底的桃花运，和自己的哥哥橘遥（片寄凉太 饰）有关。
一天，橘濑户花和名为芹川高岭（千叶雄大 饰）的男子重逢了，高岭是橘濑户花曾经的初恋对象， 如今他再度出现在她的身边，还对她展现出了别样的热情，这一切让橘濑户花的内心开始骚动起来。与此同时，橘遥震惊的发现，自己和妹妹其实并没有血缘关系。

上篇中，夜神月（藤原龙也 饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一 饰）对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。与死神硫克个性迥异的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人间，得到它的是极度崇拜“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香 饰），她还以一半性命为代价得到了夜神月所没有的死神之眼。并主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。聪明的L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的办法。同时，因为跟踪报道“基拉”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美（片濑那奈 饰）追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了......两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切扑朔迷离；两个算无遗漏的天才，谁最终能够洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？

死神硫克把一本“死亡笔记”遗落人间，被天才少年夜神月（藤原龙也 饰）拾到，月利用“死亡笔记”制裁了许多法律的正义无法制裁的犯人，他自称以“KILLER =基拉”为名的“救世主”，利用自己的双手制裁犯罪者，构筑理想中的世界；一连串杀人事件引起了ICPO（国际刑警组织）的注意，派出了天才侦探L（松山健一 饰）进行调查，步步逼近，和月斗智斗勇……两个自认代表正义的天才的对决。

为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……
本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编。