牧田洋（加濑亮 饰）在动物保护中心担任行政兽医的职位，然而，他的主要工作却是人道主义灭绝那些在规定期限内没有人收养的流浪猫狗。这份工作虽然有着它存在的意义和价值，却给牧田洋和他的同事们带来了极大的心理负担，幡枝亚纪（户田惠梨香 饰）甚至只能向精神安慰剂寻求帮助。
虽然内心痛苦，但牧田洋却依然日复一日的执行着自己的工作。某日，名为高野绫子（田中裕子 饰）的女子成为了新所长，她的到来使得动物保护中心内发生了翻天覆地的变化。高野绫子给流浪动物们起名字，细心的照顾着它们，这是牧田洋想都不敢想的，因为有了名字便会产生感情，那样只会令他更加痛苦。可是，渐渐的，高野绫子乐观高涨的情绪渐渐感染了牧田洋一行人，他们开始思索起了避免动物被扑杀的方法。

前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。
在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？

在车站，中城加奈（仲间由纪惠 饰）和田崎翔太（加濑亮 饰）因为一个想要自杀的乘客藤本诚（阵内孝则 饰）而邂逅。被对方的气息相互吸引的二人开始了邮件往来也加深了对比的认识。作为厨房机械器材推销的加奈家庭殷实，父亲在大公司工作，母亲有着制作人偶的高超技能，还有疼爱自己的奶奶，加奈却仍感寂寞有着不能告人的秘密；作为泥瓦匠的翔太家里有着爷爷和父亲，性格内向，也同样有着伤口。这样的二人因为藤本诚的出现，慢慢道出了自己心中的秘密，在一来一往中，渐渐让伤口结痂，得到治愈和救赎。而得到宽慰的除了二人还有他们周围的人，能活着本身就是奇迹。
本剧是继《风之花园》后，纪念富士电视台50周年的第二弹纪念剧。