人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程……
本片为《银河铁道999》第二部剧场版动画。

弗朗索瓦（Philippe Marlaud 饰）深深爱着名为安娜（玛丽·瑞莱 Marie Rivière 饰）的女子，然而，由于工作的缘故，两人几乎无法见面。一次偶然中，弗朗索瓦看到安娜和她的前男友克里斯汀（马修·加里瑞 Mathieu Carrière 饰）在一起，之后，他又发现克里斯汀和另一名陌生女子有所来往。于是，弗朗索瓦起了跟踪克里斯汀的念头。 在跟踪的途中，弗朗索瓦结识了名为露西（Anne-Laure Meury 饰）的女子，在得知了事情的来龙去脉之后，露西对于弗朗索瓦的行为表示了理解，同时加入了他的跟踪队伍中。终于，弗朗索瓦从安娜的口中得知了陌生女子的真实身份，她和克里斯汀是兄妹。同时，露西亦投向了另一个男人的怀抱。