第一话：自幼失去父母的少女米米和奶奶住在密林深处。某天，奶奶回乡赶赴爷爷的忌日，只留下米米一人居住。这时，一对熊猫父子偶然闯进她的家中。米米成为熊猫爸爸的女儿，同时成为小熊猫胖胖的妈妈，这三个天真的小家伙组成了一个奇怪而有趣的家庭。第二天，胖胖随秘密去学校，结果引起一场混乱。当他们回到家不久，动物园的园长随着警察叔叔前来抓捕偶然脱逃的熊猫父子……
第二话：有人偷吃掉胖胖的咖喱饭，还动了他的乐器。随着脚印，米米他们发现了正在床上呼呼大睡的小老虎。小老虎是流动马戏团的演员，他迷路来到了米米家。经过一番周折，小老虎终于回到马戏团，找到了自己的妈妈。当晚，一场大雨瓢泼而下，淹没了米米的房子，也困住了马戏团的动物们……

随着人类文明的发展，城市的规模越来越大，与之相对，青山绿水则迅速减少。东京都提出“多摩新市”的概念，大肆向周边的原始森林扩张。祖辈生长在多摩丘陵的狸猫家族受到巨大冲击，随着树木花草的急剧减少，可供它们生存的食物也开始短缺。最终，鹰之森和玲之森的狸猫发生内战，战况激烈。在火玉婆婆的点拨下，两派狸猫握手言和，转而将主要目标对准破坏森林的人类。为了更好地了解对手，火玉婆婆和龟鹤和尚教授族人已被遗忘很久的变化之术。经过一段时间的艰苦修行，狸猫们终于学会了自由变化。在激进派代表权太的领导下，一部分狸猫向建筑工人发起恐怖袭击，造成多人伤亡。它们的行动虽然取得成效，然而却无法阻挡利益熏心的人类的脚步。
森林被一点点蚕食，狸猫家族的命运危在旦夕……

琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻且代表 VIP 的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。
但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面……

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。
不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。电视报道其中最为轰动的爆炸案时，柯南由画面联想到所有炸弹放置的地点附近均有森谷帝二自认不完美的作品，心中一惊。众人拜访森谷帝二时，柯南暗中将他的宅邸查看，找出凶犯正是他的证据，原来他是狂热的完美主义者，想亲手毁掉年轻时因妥协设计出的不绝对对称作品，并借机报复没令他的宏伟设计夙愿在西多摩市达成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约。

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。
十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

故事发生在大阪的舞户学园，小泉理沙（冈村明美 配音）是一个身高170的“女巨人”，经常因为身高而被嘲笑的她在潜移默化之中担负起了搞笑的重任。无巧不成书，和理沙相对应的，同校的大谷敦士（永田彬 配音）是一个个头只有156的“矮冬瓜”，这一高一矮的两人不是冤家不聚头，在一 唱一和中，居然称为了校园之中的著名搞笑组合。
其实理沙和大谷之间的感情并不坏，两人甚至还有着共同的爱好——均是“海坊主”的粉丝。在出双入对的同时，他们的距离也越来越近，在好友石原信子（东纱织 配音）和中尾平吉（津田健次郎 配音）的撮合下，终成眷属，一段校园爱情佳话成为传奇。

小糸侑（高田忧希 配音）是一名平凡的女子高中生，也是朋友们心目中的“好好先生”，可只有她自己心里明白，每当自己面对别人付出的感情时，都会感到巨大的隔阂。喜欢帮助别人也并不是因为自己天性如此，只是不懂得如何拒绝而已。
这样的阿侑，在某一天意外的收到了异性好友的告白，不知道该如何应对的阿侑在机缘巧合之下向学生会会长七海灯子（寿美菜子 配音）发起了求助。七海在学校里人气极高，向她告白的人络绎不绝，但她总是冷若冰霜不为所动，然而让阿侑没有想到的是，从她的口中，自己竟然听到了“我喜欢你”的语句。

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

工业文明的高度发展，却最终带来灾难，一场为期7天的虫族毁灭战争摧毁了人类文明。一千年后，工业文明遗留下来的症结仍在困扰这个星球。带有强烈毒性的植物组成了令人望而却步的“腐海”森林，随着时间的推移，腐海有条不紊地向四周蔓延，蚕食周边世界。在一片腐海森林的旁边，居住着一群御风而行的人类。女主角娜乌茜卡和族人依靠海风的力量抵御着有毒孢子的侵蚀，过着平静祥和的生活。
直到某一天，战火烧到了这里。西方强国特洛梅意欲重新建立人类霸权，他们计划统一周边诸国，然后向虫族发起总攻。另一方面，一千年前曾主导摧毁人类的上古怪兽“猛怪”重现人间。毁灭战争一触即发，人类的命运将会如何……
本片根据宫崎骏同名漫画改编，并分获1985年罗马奇幻电影节和1985年电影旬报最佳影片奖、1985年每日电影大藤信郎奖。

为了给2013年的剧场版第二弹预热，《银魂》推出了第三季TV动画，本次再开的TV动画内容包括以前已经播放过的精选部分以及没有播出过的全新故事。第三季的新故事总共13话，分别为《金魂篇》、《倾城篇》、《尾美一篇》以及最后一话大结局。万事屋、真选组、歌舞伎町以及鬼兵队的回归让广大粉丝期待不已。
与观众们阔别两年的阿银（杉田智和 配音）再次回到万事屋，结果发现自己的主角地位受到了挑战，而对方竟然是一名有着一头华丽金发的男人，这个与自己十分相像的男人自称为“金时”，身边的朋友们也只认得这个金发帅哥而完全忘记了阿银自己，动画甚至围绕着金时从而改名为“金魂”。阿银能不能重新夺回主角地位……

江户时代末期，在那场惨烈的战争结束后，幕府认输了，天人逐渐渗透到了江户居民的生活当中去，武士道的精神在慢慢衰落，当年骁勇善战的攘夷志士们，也都隐姓埋名得过起了隐居的生活。为了维持父亲的道场，志村新八（坂口大助 配音）和姐姐志村妙（雪野五月 配音）不得不辛苦的工作。为了生 存，在跋扈的天人面前，新八必须忍辱负重。某天，一个自然卷白毛的出现改变了新八的生活，他狠狠教训了欺负新八的天人，却也害得新八丢了唯一的工作。气急败坏的新八追随他的脚步来到了位于小酒吧二楼的“万事屋”，随后他发现，“万事屋”的老板，这个叫做坂田银时（杉田智和 配音）的男人，尽管表面上悠闲懒散，但是却有着一颗“坚决贯彻自己的武士道”的正直的心。银时雇佣了新八，在此之后，对这个时代彻底失望的新八渐渐认识了围绕在银时周围的，善良而美好的人们。
动画片改编自漫画家空知英秋的同名漫画，动画一经播出，立刻引发了“银魂”热潮，开创了“吐槽”与“热血”并存的新的动画类型。

二十一世纪初，人口不断增长，职位和房屋的需求成为了人们首要的问题。
原本的土地已经不足以满足社会的发展，于是日本政府将东京湾对出的海域进行一次大规模的填海造地工程，填平面积总共四十五万平方公尺，把木更津第一人工岛和川崎第二人工岛连接结合，长十五公里的大型防波堤就可以动工。这就不仅代表绕首都圈一周的大环状路完全通车，同时十多个水门亦可利用潮差去排水，最重要就是确保了未来十年东京有四万五千公顷的用地。
由于是以“永恒之都巴比伦”作为蓝本建设的国际大都会东京，于是这“巴比伦计划（Babylon Project）”称得上是本世纪最大海面工程计划。为了加快工作效率，建造更加庞大的建筑物及应付这庞大的工程，于是发展出专为工业使用的大型机械人，称之为Labor。
他们被广泛使用后，除增加了建筑的效率、解决了房屋问题外，亦增加了不少的就业机会；不过与此同时亦衍生出了一个新的问题，就是Labor犯罪案件的频发。这些可能只是醉酒驾驶，又可能只是驾驶者的意气用事，或者是不法份子把Labor改装为犯罪工具。不过这一切一切不仅使周遭的环境破坏,更使社会秩序混乱。
社会迈入了新时代，人类已经制造出可以操作的机械人来代替他们从事某些危险及繁重的工作，这些机械人常应用在工程建筑领域。但是正因为机械人的强大力量，使得犯罪分子也蠢蠢欲动。因此作为国家工具之一的警察部队自然也会有相对应的机构来应付机械人事件的发生。
在这个极其特殊时代的不安定状况下，日本警示厅警备部于是决定成立了一个全新部门――特车二课（Special Vehicles Section 2），以专门打击Labor相关的犯罪案件。而这种警队专用的Patrol-Labor（巡逻警用机械人）被称为Patlabor！

旭日初升，清纯少女黑衣麻陶（花泽香菜 配音）终于迎来了期待已久的初中入学式，水手服标志着青春的开始。在学校门口，她邂逅了乘坐豪华轿车上学的同班同学小鸟游优美（泽城美雪 配音），顿时为对方的成熟知性气息所吸引。她主动上前搭话，两人很快成为开心畅谈的好朋友。家境优渥又怎样？履历平平又如何？这些都没有成为障碍，麻陶和优美的友情不断加深。快乐无忧的第一学年转眼过去，升入二年级后，麻陶和优美分入了不同的班级。开朗外向的麻陶似乎很快适应了新的环境，也结交了新的朋友；而一向内向恬静的优美虽然默不作声，心底却依稀升起几分落寞。
那种莫名的情感，让少女的友情失衡……