全作故事以莉莉安女子学园的传统为主轴，身为一年级新生的主角 福泽佑巳遇上了二年级的 小笠原祥子，两人在经历重重障碍后成为「姊妹」的关系。故事就围绕著学生会「山百合会」中的朋友和同学们展开。
而第四季的动画内容将紧接著第三季的结尾往后发展，也将忠於原作故事，另外，也确定了第二季的动画 DVD 将在 2009 年 2 月 25 日发售。
新加入的声优包括了 井上麻里奈、川澄绫子和 小山力也，分别饰演作品中的「内藤笙子」、「细川夕子」以及细川可南子的父亲。而原本就已有出演 鸟居江利子的声优 天生目仁美，也将担任新角有马菜菜的配音。

【剧情简介】
继圣母在上第一季大受欢迎后，日方再接再厉，推出该动画的第2季，继续讲述淑女们在莉莉安优雅的生活。到底佑巳和祥子她们的关系会怎样发展？我们拭目以待。
私立莉莉安女子学院
创立于明治34年，是一所以历史悠久，校风优雅而闻名的名门女子私立学校。在武藏野肥沃的绿地上，坐落着此学院的幼儿园，小学，中学，高中，大学（文学部和家政部），研究生院。彻淑女教育，培育谨慎谦恭，学识丰富，教养好的淑女是这个学校的传统之一。
通往学校的路道两边栽满了樱花树，一进校门，你会看见并排的银杏树，再往前岔道的地方，有着这个学校的标志性建筑——玛利亚像
私立莉莉安女子学院学生的气质
私立莉莉安女子学院，原本是为了贵族的千金而创建的女子天主教学校，专门培养清纯的贵族女孩子。
这个女子学园高年级的同学在相互叫同辈的名字时也不忘加上“某某小姐”的称呼，而在称呼比自己年长的同学时则称「您」。打招呼时常说「祝您一切安好」。
让裙子的衣角不起褶皱，让洁白的水手领不散开，慢慢的走路也成了修养的一种。当然，快迟到时踉踉跄跄的跑进教室的学生总还是存在的。其实，就好象是追求的画卷里所描绘的那种“有古典气质的女子”一般。在战争之前，使这种女子文化气质代代相传的原因，是因为这些女孩子的母亲也大多是这所学校所毕业的罢了
私立莉莉安女子学院的「姐妹（Soeurs）」体系
在这个学园的高等部有称作「姐妹（Soeurs）」由学生自主领导的体系。
这是为了维系这个学校清纯正直的校风，由ロザリオ的主张所建立的，由年长的姐姐负责指导年幼的学妹，教会她们什么叫做淑女的美。一个姐姐只能带一个妹妹，这是一种契约，必须让周围的人都承认她们两人是最亲密的姐妹关系才可以。这套系统自它被创立以来一直稳定连续的运行着。
私立莉莉安女子学院的学生会
这个学院的学生会「山百合会」，被称作红、白、黄蔷薇的3人干部组织所管理。
3蔷薇各自有个自的特色，分别称为「红蔷薇(罗莎吉乃希斯)永远都很沉着冷静，很有礼仪，做事认真的优等生。」，「白蔷薇(罗莎基莰提尔)得到绝大多数低年级学生的支持」，「黄蔷薇(罗莎菲迪特)做事冷静，总能达到中上等」，为了利于学生会的发展将自己的妹妹作为助手。
蔷薇的妹妹们，被「花蕾」（分别是，「红蔷薇花蕾(罗莎 吉乃希斯 安 乌顿)」，「白蔷薇花蕾(罗莎 基莰提尔 安 乌顿)」，「黄蔷薇花蕾(罗莎 菲迪特 安 乌顿)」）
「山百合会」的据点在依树而建的「蔷薇之馆」，这里就是学生会的中枢。
私立莉莉安女子学院的制服
采用了类似绿色但又偏黑的无光泽布质，怎么看都是上等材料。象牙色的水手服上缀着一条黑色的带子，打个结就成了领结。
现在，流行穿单布条的超短薄裙，配上三折式的白袜子和芭蕾舞鞋式凉皮鞋。
圣母在上第二季STAFF
・监督：ユキヒロ　マツシタ
・人物原案：ひびき玲音
・脚本监修：今野绪雪
・人物设计：松岛晃
・美术监督：坂本信人（ビックスタジオ）
・美术：ビックスタジオ
・色彩设计：松本真司
・撮影监督：川口正幸
・编辑：松村正宏
・シナリオ： 吉田玲子、高桥ナツコ、真部千晶、吉村元希
・音响监督：岩浪美和
・音楽：片仓三起也
・动画制作： スタジオディーン

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シュロッターベッツギムナジウム(高等中学)の学生トーマが自殺した。彼はその前に友人にあてた一通の手紙を投函していた。受け取ったのは同じギムナジウムで学ぶ、一学年上のユリスモール。手紙は彼にあてた遺書だった。トーマの死は事故として処理された。だが、遺書を読んだユリスモール及び、彼と同室のオスカーのふたりだけが真相を知っていた。トーマはユリスモールを愛していた。彼の心に自分の名前を刻み込むために自殺したのだ。押しつけられたものの重さに苦しめられるユリスモール。そんなある日、トーマに生き写しのエーリクがギムナジウムに転入してきた…。 ●収録作品 トーマの心臓/千本めのピン/とってもしあわせモトちゃん