本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。
这一切都是命运石之门的选择。

人类与魔物之间的大规模战争“人魔战争”终结后数年。前任皇帝驾崩后，虽然帝国皇位持续空缺，但世界总体趋向和平——。人们依靠根源之力“艾尔露”，建立起繁荣的社会。结晶化的“艾尔露”被称作魔核，它作为魔导器的动力源，甚至能制造出对人们生活不可或缺的、保护城镇不受任何威胁的结界。 有一天，在距西宗塔尼亚不远的森林的深处。帝国骑士团奈连小队下属的新人骑士尤利·隆威尔、弗林·西佛，以及他们俩的前辈，双胞胎妹骑士希丝卡和夏丝缇尔正在执行调查“艾尔露”的异常喷出，以及击退因此而出现的魔物的任务。憧憬骑士团，满怀壮志入团的尤利·隆威尔，重视纪律与正义的弗林·西佛，两人是在帝都扎亚斯的平民区一起长大的青梅竹马，时隔数年，在入团仪式上偶然得以重逢。 骑士团的队长奈连在深入调查异常变化的过程中，开始怀疑森林遗迹内存在未知的魔导器。而当他们正在进行探索之时，突然发生了影响西宗塔尼亚一带的大规模异变……尤利和弗林虽然作为骑士团员共同行动，但由于信念的差异而互相争论。了解到帝国黑暗部分的两人，将必须做出贯彻各自“正义”的觉悟……