1978年，香港人陈子良（黄秋生饰）向人借钱不遂，遂起杀机，将老友阿强烧死后潜逃回大陆。多年后化名为王志恒的陈子良在澳门做老板，经营八仙饭店。
一日澳门警局李探长（李修贤饰）接到海边的报案，到达现场发现一袋断肢。被海水浸泡许久的残肢已经无法辨认。
八仙饭店总是接到来自大陆寄给郑临的信，同时警察局也接到大陆寻找郑临的寻亲信，而郑临正是八仙饭店以前的老板，而他们全家人已经神秘失踪。
王志恒形迹可疑，李探长遂率领全组人员跟踪监视，最终发现了一个天大秘密......
片中黄秋生演技精湛，夺下当年香港电影金像奖最佳男主角，成为香港电影史上第一个凭三级片拿奖的影帝。

由于两年前揭发同僚贪污，台北警官黄火土（梁家辉）被上级报复调入冷门的外事组工作，利益也曾连带受损的新同事对他怒言相向，加上妻子清芳（刘若英）受不了他长期不回家要求离婚，黄火土感觉他的世界正在逐渐四分五裂。
就在此时，三宗受害者的身份并无关联的震惊了台湾社会的离奇命案发生，法医（杨贵媚）验尸发现他们都是因中一种神秘的黑霉菌产生幻觉而死，因为缺乏此方面的人才，当局从美国请来此种案例的侦办专家凯文莱特（David Morse）协助破案，黄火土重被任用。随着一桩令所有人都目瞪口呆的事实的被发现，一场围绕政治利益与民众利益的斗争也在黄火土和办案伙伴李丰博（戴立忍）及整个警察队伍之间展开。

该片由香港、韩国与泰国三位导演陈可辛、金知云与Nonzee Nimibutr的三部短片《回家》、《失忆》与《轮回》组成。
《回家》讲于辉（黎明）鉴于以往经验，深信用中药泡澡能令自己死亡三年的妻子（原丽淇）复活，但因行为诡异致使警察邻居（曾志伟）警觉，引发悲剧。《失忆》讲妻子（金慧秀）死后的灵魂回忆其被丈夫（郑普硕）杀害的过程。《轮回》则是借泰国两种截然不同的传统艺术，通过街头艺人哥东（舒伟烈）的一系列离奇遭遇，讲述了“不是不报，时候未到”的因果报应。

坂本拓也（井上孝幸饰）上的本町小学附近有另一所小学，不知为何接连发生了小学生的连续杀人事件，消息传到本町小学，学生之间议论纷纷。 　　拓也的妹妹—夏美（前田爱饰）的班上同学，问钱仙凶手是谁，钱仙的回答是「花‧子」。小朋友们直觉想到“鬼娃娃花子”。“鬼娃娃的花子”是一个传说 住在厕所裏的幽灵，而根据钱仙的预言，下一个受害者正是夏美，并且“花子”明天就会现身…… 　　夏美立刻跑去拓也的班上，找拓也求助，没想到拓也不当一回事，把夏美赶回去。夏美只好和同学浩志一起回家，途中到一位非常漂亮的女孩，向他们问到本町小学的路。 　　这名美少女叫作水野芽子（河野由佳饰）。第二天刚好转学进入拓也的班上，成绩优秀的芽子，不久在班上即大受欢迎，有一次，芽子被班上的加奈子与小绿撞见从谣传的“花子”出现的厕所裏出来，从此竟被同学们怀疑是“花子”，只有拓也一直护着她。 　　在这之后，有一天，拓也与芽子一起打扫饲养著山羊的小屋。在拓也为了拿学级日志到离开到职员办公室时，加奈子和小绿正好在走廊。突然她们看到眼前出现一大片血迹，吓得拔腿就跑，没想到混身是血，拿着镰刀的芽子，就站在前面……

日本警方将一具在海边发现的女尸解剖，发现女尸体内的内脏全都不见了，更奇怪的是女尸是光头的，可是身上却有许多头发纠缠着。因此警方推断这名女孩被杀害后，内脏被取出继而卖到黑市。不久警方发现，这具女尸竟然不见了。他们并不知道，是停尸间的员工山崎（大杉涟 饰）偷走了女尸。
山崎乐于收集美丽的头发。他每天都细心呵护女尸，女尸的头发竟然一天天的生长出来，但除了头上，凡是女尸被挖空的身体部分都长出了头发。山崎把这些头发剪下来卖给发廊，带着这些假发的人，都统统恐怖死去。
他在一间发廊里遇到了年轻的裕子（栗山千明 饰），山崎马上被裕子美丽的头发吸引住，他还特地把那些充满怨恨的假发送给了裕子，完全不知情的裕子把这些头发接在了姐姐女儿麻美的头上……