在第一集解决了“毁灭钢眼博士”后，“神奇四侠”已经逐渐适应了新的身份，队员们的生活亦过得有滋有味 。里德（尤安·格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）和苏珊（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 饰）终于步入教堂，然而，正当婚礼进行到一半时，突然狂风大作，一道银 色闪电在天空闪过。
里德忙叫“霹雳火”（克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰）追上去看过究竟，熟料“霹雳火”完全不是对方对手，里德的担忧变成了现实：新的敌人出现了――“银影侠”（道格·琼斯 Doug Jones 饰）！
世界各地开始灾难不断。通过调查，苏珊发现“银影侠”只不过受“行星吞食者”盖拉克图斯所迫，帮其在宇宙寻找可供其吞食的星球，今次的目标正是――地球！“神奇四侠”又出动了，这次能否帮助可怜的“银影侠”、成功挽救地球？

理查德博士（尤安•格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）的科学梦想即将实现！他将飞往宇宙风暴的中心，揭开人类基因的密码。同行的还有，项目赞助人冯•杜姆（朱利安•麦克马洪 Julian McMahon 饰）、宇航员本•格林姆（麦克•切克里斯 Michael Chiklis 饰）、博士的前女友苏•斯通（杰西卡•阿尔芭 Jessica Alba 饰）以及她弟弟约翰尼•斯通（克里斯•埃文斯 Chris Evans 饰）。
不料，飞船接近风暴中心时，由于计算错误，导致飞船被宇宙射线所吞没！大难逃生返回地球后，组员们的基因因宇宙射线的影响，发生了变异，他们具有了各个不同的超能力。
理查德、苏、约翰尼和本组成了“神奇四侠”，利用宇宙射线所赋予的超能力去打击黑暗势力、帮助世界。杜姆获得超能力后变身成为了“毁灭钢眼博士”，正在实施他的邪恶计划。神奇四侠出击了！

上篇中，夜神月（藤原龙也 饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一 饰）对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。与死神硫克个性迥异的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人间，得到它的是极度崇拜“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香 饰），她还以一半性命为代价得到了夜神月所没有的死神之眼。并主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。聪明的L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的办法。同时，因为跟踪报道“基拉”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美（片濑那奈 饰）追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了......两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切扑朔迷离；两个算无遗漏的天才，谁最终能够洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？

死神硫克把一本“死亡笔记”遗落人间，被天才少年夜神月（藤原龙也 饰）拾到，月利用“死亡笔记”制裁了许多法律的正义无法制裁的犯人，他自称以“KILLER =基拉”为名的“救世主”，利用自己的双手制裁犯罪者，构筑理想中的世界；一连串杀人事件引起了ICPO（国际刑警组织）的注意，派出了天才侦探L（松山健一 饰）进行调查，步步逼近，和月斗智斗勇……两个自认代表正义的天才的对决。