阿凡（余文乐饰）自小便没有了父母，为了生活与好友阿明（黄又南饰）在戏院门口卖蔗。一天他们看到在街头上大打狮鼓的阿蓝（蔡卓妍饰）。阿明对阿蓝一见钟情，决定与阿凡一起到阿蓝父亲（葛民辉饰）的武馆以学艺为名接近阿蓝，阿蓝却对阿凡有意，阿凡决定成全好朋友，渐渐与阿蓝生疏了。
在一个丧礼上，阿凡遇到了一个从小在尼姑庵长大的女孩——“灭绝师太“（钟欣桐饰），阿凡被她的美貌深深吸引，每天都偷偷跟着她到山上去。女孩终于发现了他，并对他产生了情愫，想让阿凡带她走出尼姑庵，去看看那个多彩的世界，出走后，便从此消失于阿凡的身边。
阿明利用老电影的剧本，得到了阿蓝的欢心，可是阿凡心里还是念念不忘他的“灭绝师太”。

余小宝（黄秋生 饰）拥有一身好武功，随着年龄增长也有点力不从心，经营一家老式铁打医官。他妻子早逝，身兼母职照顾儿子Nicky（冯德伦 饰）和女儿Natalie（钟欣桐 饰），可是家里总是缺少和睦，哥哥和妹妹常常吵架，而孩子们都听厌了父亲不停讲述当年的英勇。Nicky一直喜欢妹妹的好朋友Ella（蔡卓妍 饰），而Nataile的男友Jason（吴彦祖 饰）则是个音乐人。
Rocco（王敏德 饰）抓走了余小宝要求说出当年加害Rocco使之从此瘫痪的戴子龙，兄妹俩不得不一起救回爸爸。至此他们才发现了爸爸、Jason以及戴子龙的真事身份，使他们惊讶不已。

富商巢老爷临终立下遗嘱，将所有遗产都传给远在法国的女儿飞飞（吴君如 饰），遗嘱由巢二爷保管。巢老爷的不肖子秋千方百计想修改遗嘱，而二爷的不肖子大傻亦想取得遗嘱私自修改。一晚，幸运星（周星驰 饰）到巢家偷窃时被大傻抓住，见他偷窃有一手，大傻命令幸运星帮助自己偷遗嘱。而阿秋 亦无意中发现在垃圾场专门捡垃圾的垃圾凤（吴君如 饰）样貌竟然和他妹妹飞飞一模一样，于是命令阿凤假扮其妹骗取二爷掌管的遗产。
就在二爷去迎接从法国回来的假飞飞（阿凤）的晚上，幸运星按大傻吩咐潜到了巢家大宅去偷遗嘱。不料事情败露，被二爷抓个正着。情急之下，幸运星谎称自己是飞飞多年前的男友，企图蒙混过关。而不知就里的阿凤怕露出马脚，也承认了幸运星是她的男友。于是一场笑料百出的遗产争夺战开始了。

天上降龙罗汉（周星驰 饰）与众仙打赌，称在凡间会令三名凡人于一定时限内为他人作出牺牲，否则他愿再受轮回之苦。伏虎罗汉化身济公和尚来到人间，在游戏人间普渡为生的间隙，他选中被老天所罚的九世乞丐（黄秋生 饰）、遭男人欺女人辱的妓女（张曼玉 饰）、杀人如麻的大盗（黄志强 饰）为实验品。
凭借机智巧妙地安排，济公与三人建立了良好的关系。最终，九世乞丐与大盗被济公感化作出为他人牺牲之举，妓女更是一往情深爱上他，令他开始为是否自动放弃神仙身份留在凡间而烦恼。

Reeve（郑伊健饰）是一个僵尸猎人，每次出动前都要喝下药水变得半人半僵尸才能发挥功力。他的前搭档Lila（何超仪饰）因一次行动中丧生，由Gypsy（钟欣桐饰）来接替。她的到来令Reeve的妹妹Helen（蔡卓妍饰）很不满，两女更大打出手。
僵尸王子Kazaf（陈冠希饰）与仆人Prada（黄秋生饰）靠父亲僵尸王寄来的血浆生活，他生性善良，从来不会伤害无辜。Helen邂逅了帅气的Kazaf。一天Kazaf被僵尸伯爵追杀受伤，Helen得知他的身份后，毅然帮他到医院偷血，还把他带回家。原来僵尸圣典《Day for Night》就在Kazaf手上。
Reeve因一次行动后找不到解药，因此变成了僵尸，还差点杀掉了自己的妹妹，迫于无奈之下，Gypsy把心爱的Reeve杀掉，Helen也为着要救回落入僵尸伯爵手中的Kazaf，与Gypsy联手进攻。

本片是《麦兜故事》系列的第三部，由现实和动画两部分故事组成。
现实部分的故事开始于一次“人质挟持事件”，一群持枪匪徒闯入香港中环的国际金融中心（IFC），劫持了一家广告公司的数十名职员，在和警方对峙的关键时刻，匪徒提出要吃外卖盒饭，警方进一步调查发现此案线索涉及“春田花花幼儿园建校五十周年校庆”，而匪徒在与广告公司职员交谈时，发现某个直发披肩女孩（周笔畅）来自著名而神秘的网站春田花花幼儿园，产生好奇。而穿插在现实部分里的动画故事，春田花花幼儿园的小朋友幻想着自己将来快乐简单的理想职业生活，可是长大的他们（黄秋生、郑中基、梁咏琪等），换取温饱的方式多数变成了目标不分的随大流装傻。

叶湘伦（周杰伦 饰）是淡江艺术高中的一名插班生，父亲（黄秋生 饰）是该校的一名教师。这天同学晴依（曾恺玹 饰）带他参观学校，接着他独自来到了学校的旧琴房，本身弹得一首好曲的他被某处传来的一首钢琴曲吸引住了。他来到其中一间旧琴房，遇到了路小雨（桂纶镁 饰），纯纯的爱情故事由此发生了。一直以来，叶湘伦都觉得小雨充满了神秘，却无法进一步了解她。叶湘伦约小雨到琴房见面，叶湘伦以为晴依是小雨，跟晴依接吻时被小雨看到，自此之后叶湘伦就没有再看到小雨。叶湘伦到处寻找小雨，发现了那个小雨所说“不能说的秘密”的全部真相。

老左（黄秋生 饰）是香港老一代彻头彻尾的左派，他哼唱《歌唱祖国》、《智取老虎山》，高举为人民服务的伟大旗帜。他一生最大的愿望就是能到北京天安门去看看。
老左一生全心全意为人民服务，完全没有把心放到自己的小家上，令儿子左忠（郑中基 饰）心生不满。左忠有一个青梅竹马的女友陆敏（莫文蔚 饰），陆敏高中毕业后去了国外留学，左忠不想一辈子和老左一样背着“左”的包袱，利用内地改革开放的机会，展开了内地冒险式淘金之旅。
左忠和陆敏在1997年回归后最终满身伤痕回到香港，老左的一生最终将如何落幕？

澳门回归前三天，五位情深意重的杀手。杀手阿和(张家辉饰)与妻子阿静(何超仪饰)带着刚满一个月的孩子重返故地，阿火(黄秋生饰)与阿波(林雪饰)奉黑社会老大大飞(任达华饰)的命令来追杀阿和，但另一对好兄弟阿泰(吴镇宇饰)与阿猫(张耀扬饰)闻讯，为了情义前来阻止。冲突在阿和家突然爆发，又迅速重归平静。最后他们决定一起做一宗大买卖来解救阿和，在谢夫(张兆辉饰)那里，摆放在他们眼前的是两个选择：暗杀蛋卷强(林家栋饰)或者抢夺一吨黄金……最终他们选择了前者，然而却在餐厅和死对头大飞不期而遇，一场恶战难免。

1978年，香港人陈子良（黄秋生饰）向人借钱不遂，遂起杀机，将老友阿强烧死后潜逃回大陆。多年后化名为王志恒的陈子良在澳门做老板，经营八仙饭店。
一日澳门警局李探长（李修贤饰）接到海边的报案，到达现场发现一袋断肢。被海水浸泡许久的残肢已经无法辨认。
八仙饭店总是接到来自大陆寄给郑临的信，同时警察局也接到大陆寻找郑临的寻亲信，而郑临正是八仙饭店以前的老板，而他们全家人已经神秘失踪。
王志恒形迹可疑，李探长遂率领全组人员跟踪监视，最终发现了一个天大秘密......
片中黄秋生演技精湛，夺下当年香港电影金像奖最佳男主角，成为香港电影史上第一个凭三级片拿奖的影帝。