当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德（理查德•阿滕伯勒 Richard Attenborough 饰）曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士（杰夫•高布伦 Jeff Goldblum 饰），邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉（朱丽安•摩尔 Julianne Moore 饰）已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。
在索纳岛上，另一组野蛮的探险队已经先期到达，他们抓捕恐龙将其卖到外国。利欲熏心使得这些贪婪之徒全然不顾危险，竟然打起暴龙的主意。索纳岛旋即变成恐怖的屠杀地狱……

警司昆廷（莫里斯•迪恩•温特Maurice Dean Wint 饰）、监狱专家兼传感器专家伦尼斯（维尼•罗宾逊 Wayne Robson 饰）、医生霍洛韦（尼基•瓜达尼 Nicky Guadagni 饰）、建筑师沃思（戴维•休利特 David Hewlett）、数学系的大学生利文（尼科勒•德搏尔 Nicole de Boer 饰）和身患孤独症的学者卡赞（安德鲁•米勒 Andrew Miller 饰），六个素不相识的人，一觉醒来后发现一同身处于由一个个形状相同的立方体组成的结构复杂的高度精密迷宫中！
他们唯一的出路只有逃离这座迷宫，然而，一个个立方体尽管外貌相同，然而里面的机关却各不一样，复杂异常。依靠利文数学知识的推理，他们终于以为发现迷宫的运行规律，凭此一次次解开各个机关，迷宫的边缘近在眼前。
当他们正欲合力逃出迷宫之际，意外发生了。