在《异形魔怪》第一集中逃过虫吻的硬汉厄尔（佛瑞德华德）与柏特（麦可葛罗斯）再次携手合作，加上美丽的地质学家（海伦薛佛），三人一起对抗这只邪恶的地心怪物，好将它们永远消灭，他们最后能成功吗？

在一个名为“完美”的宁静小镇上，米奇（凯文·贝肯 Kevin Bacon 饰）和死党巴斯特（弗莱德·沃德 Fred Ward 饰）又度过了属于他们的平静一天。对于在这个无趣的小镇里从事着一份又一份没有前途，仅能糊口的工作这一事实，两个血气方刚的年轻人感到十分无奈和困扰。终于，他们决定要走出完美镇，开始他们多姿多彩的新生活，而就在此时，通向镇外的唯一一条公路莫名塌陷了，某些不详的征兆开始显现。
早在数星期之前，镇上发生了家畜神秘失踪的恐怖事件，同时，地质系学生蕾贝卡（ 芬妮·卡特 Finn Carter 饰）发现小镇的地壳运动十分异常。现在，众人终于将这些纷乱的线索拼凑到了一起，在大家的脚下，黑不见光的地底，究竟是什么在蠢蠢欲动？

自从魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉混战结束后，帝王组织已经在骷髅岛建立了观察区，大部分资料也向公众开放；此时的金刚也已经长大。一家高科技公司APEX利用资料，尝试一项大胆的任务，意图消灭哥斯拉，但这一任务风险和危机共存。然而，哥斯拉感应到了APEX的机械巨兽，开始向人类发动攻击；APEX见状决定利用金刚探寻地心世界以获得更多能源。一心只想回到真正的家园的金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系；但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开……