西汉景帝末年，孔子旧宅墙壁中发掘出一批古简，其中有一部孤本古文《论语》，世称孔壁《论语》。孔子十一世孙孔安国将之献入宫中，虽适逢武帝独尊儒术，儒家经籍也大多残缺不全，孔壁《论语》却深藏不见，从此失传……

《清明上河图》描绘人物824位，牲畜60多匹，木船20多只……5米多长的画卷，画尽了汴河上下十里繁华，乃至整个北宋近两百年的文明与富饶。全图824位人物，每个人都有名有姓，佯装、埋伏在舟船车轿、酒肆楼阁中。看似太平盛世，其实杀机四伏。翻开本书，在小贩的叫卖声中，金、辽、西夏、高丽等国的间谍与刺客已经潜伏入画。824个人物逐一复活，只待客船穿过虹桥，就一起拉开北宋帝国覆灭的序幕。

《清明上河图密码》系列分别以士、农、工、商、兵五大行业为背景，深度描写了北宋末期不同社会阶层的风貌，揭开了埋藏在《清明上河图》中的帝国秘密。
系列1-5部每部一个主题，主角各不相同，故事相对独立，又彼此关联。汴京五绝：“讼绝”赵不尤、“牙绝”冯赛、“斗绝”梁兴、“作绝”张用、“相绝”陆青依次登场破局。
在第6部大结局中，京城汴京又现怪象，五个紫衣妖人相继出现，以五行妖法杀人，并分别以木遁穿门、火遁升空、金遁撞钟、水遁沉河、土遁隐地妖法当众消失。汴京五绝沿着各自所遇清明谜案留下的线索，不断破解离奇命案，并各自遭遇一妖。最后，“五绝”聚首，共揭终极秘密。