2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

笹木美代（志田未来 配音）是一名高中二年级女生，因为总是将自己真实的情感隐藏在心底，因此美代被周围的朋友们称作“无限大神秘人”，实际上，美代是一个非常在意别人看法，时时刻刻都在关心这周围人的女孩。美代暗恋着名叫日之出贤人（花江夏树 配音）的男生，但贤人对美代的态度却十分的冷淡。
实际上，美代保守着一个秘密，她曾从一个神秘的商人手里得到了一个猫咪面具，只要带上这个面具，美代便可以变成猫咪。变成猫咪后的美代总喜欢前往贤人的家，因为她发现贤人对人类虽然冷漠，但是对猫咪却格外的亲热。美代越来越沉迷于以猫咪的身份和贤人待在一起。

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
如今，冒险再度进化……

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。
为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
“所以说过去的事情我不知道啦！”
面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
接下来，应该在数码世界做些什么才好——
在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，
缅因猫兽再度开始暴走。
“不能让你诞生在世上…”
从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——
西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。
保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。
随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。
其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——
被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，
却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。
同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…
之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

世界的崩溃开始了。
暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、
用强大的力量进化成了秩序兽。
根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。
在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。
现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。
「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」
加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。
另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、
并尝试施行干涉现实世界的最终计划。
为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。
「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」
绝望的迪路兽向大家说到。
孩子们做出最后决定的时候到了。
被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？
现在，冒险将再一次进化。

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。

高中生加藤胜（小野大辅 配音）和弟弟过着相依为命的生活，某日，加藤胜所在的地铁站遭到了无差别杀人犯的袭击，为了救人，加藤胜身中数刀不幸身亡，而当他再度睁开双眼之时，却发现自己完好无损的站在一个陌生的房间里，眼前是一个黑色的诡异圆球。
和加藤胜在一起的，还有下平蕾佳（早见沙织 配音）、西丈一郎（郭智博 配音）和铃木良一（池田秀一 配音）三人，他们和加藤胜一样，都是已死之人。蕾佳告诉满头雾水的加藤胜，黑色的圆球名叫“GANTZ”，而他们所要做的，是等待圆球下达的命令。这一次，四人被传送到了大阪，他们所要面对的，是叫做“滑瓢”的怪物以及一场盛大的百鬼夜行，只有在GANTZ所规定的时间内杀掉所有的怪物，加藤胜才能够得到再次回到弟弟身边的机会。

讲述在浮游城“艾恩葛朗特”从第一层开始往上攻略的故事。