自古妖魔侵入人类的世界，化作人形并以吞食人类的内脏为生，对妖魔束手无策的人类唯有求助于身背巨剑的女性战士们。因为战士们是由于体内混合了妖魔的血肉才得到超人的力量，所以人类同样将她们视为异类，一方面依靠着她们斩杀妖魔，一方面畏惧并排斥着她们，并将她们称为“Claymore（大剑）”。 当妖魔的出现打破了一个普通山村的平静生活，万般无奈的村长只好求助于大剑组织。一位面容冷酷的战士接受委托来到这里，由此拉开了这场波澜壮阔的故事序幕。

死神武器职业专门学校，简称“死武专”。其学生分为“工匠”与“武器”。
据称，收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，“武器”就会进化成最强的死神武器“DEATH SCYTHE”
以最强的“工匠”为目标的镰刀“工匠”玛嘉与其“武器”SOUL二人，开始了艰辛的试炼。有同样目标的还有暗器“工匠”BLACK STAR与“武器”务椿，和死神之子——死神•德•基德与他的武器双枪姐妹。
三组少男少女成长的故事，伴随着的是“死武专”的危机四伏。神秘的魔女美杜莎心怀鬼胎；死神大人不离开“死武专”寸步，似乎也是为了隐藏天大的秘密。

鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。
鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。
此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。

“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。
我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。