第二季的故事将从上一季最后一集的情节拉开帷幕。
警视厅搜查一科“特别犯罪对策室”被迫解散，室长大泽绘里子（天海佑希 饰）引咎辞职，准备从成田机场出发回去美国，可是就在机场等待时她接到了野立信次郎（竹野内丰 饰）的电话。警界高官黑原健蔵将成为反政府组织“黑月”的下一个狙击目标，而“黑月”重要成员高仓龙平在护送中逃脱。虽然绘里子和对策室各成员纷纷赶往现场，但黑原依然中弹，而犯人逃脱。身负重伤的黑原被迫辞职，为了承担责任，对策室再度解散，绘里子去了美国。两年后，当上参事官的野立以接手某个重要案件为契机，使得对策室再度复活。
木元真实（户田惠梨香 饰），片桐琢磨(玉山铁二 饰) ，花形一平(沟端淳平 饰) ， 山村启辅(温水洋一 饰) 和岩井善治(小林友治 饰) ，这一班乌合之众是否还能再次聚首，为绘里子和对策室效力？而野立这一次是否依然可以说服绘里子担任室长一职？

因羽田机场天气情况不佳，一架飞往东京的航班暂时停靠在一天只有两架飞机降落的松本机场。地勤大河内千草（竹内结子 饰）严阵以待，打起十二万分的精神应对旅客的各种要求，此外还为村木主任（甲本雅裕 饰）死缠烂打的求婚告白颇费脑筋。少顷，刚刚结束葬礼的鹤桥一家抵达候机大厅。长男藏之介（生瀬胜久 饰）一心筹划兴建天文馆，为此缠着妹妹和妹夫借钱。身为律师的妹夫田野仓守男（香川照之 饰）道貌岸然，情人百合子（户田惠梨香 饰）暗中随行令他焦灼万分。妻子美代子（神野三铃 饰）察觉丈夫的异状只能自吞苦果，这时却邂逅了帅气的飞行员（小田切让 饰）。田野仓的一双儿女也各有各的心事，丈人鹤桥清正（绫田俊树 饰）则抱着亡妻的骨灰独坐一隅。
千草周旋在鹤桥一家身边，不经意间得知了他们的许多秘密，也见证着他们之间隐隐的羁绊……

16世纪末的日本，明智光秀发动本能寺之变，杀害了离称霸天下只有一步之遥的织田信长，丰臣秀吉（奥田瑛二 饰）率兵打败光秀，继而建立丰臣政权，天下得到久违的和平。
15年后的和平年代，劫富济贫的大盗石川五右卫门（江口洋介 饰）名扬四海，备受穷苦老百姓的喜爱。盛典之夜，五右卫门潜入某富豪家中行窃，结果导致该富豪及其家人被五奉行之一的石田三成杀害。原来五右卫门顺手牵羊偷走了一个藏有惊天秘密的匣子，随后又将其扔掉。次日，得知昨夜详情的五右卫门来到贫民窟寻找匣子，与此同时，石田三成也派出忍者雾隐才藏（大泽隆夫 饰）追踪匣子的下落。连番激烈的搏斗旋即展开，而那个惹来腥风血雨的匣子究竟有隐藏着什么秘密呢？