成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

宇宙世纪U.C. 0079年，人类的战场正式进入宇宙。势如破竹的吉翁军发动了不列颠作战，由于在战争中太空殖民基地坠毁在地球，导致超过半数的世界人口死亡。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势，以压倒性的战力向吉恩军发起挑战。扎比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的塞拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连生活在SIDE 7 的阿姆罗和芙劳平稳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌驾驶员的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的“鲁姆会战”即将展开……