成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

本片由四个短片组成。《九十九》健硕的手艺人在山中突逢暴雨，他仓促间在一座祠堂歇脚，谁知里面别有洞天。被人用烂丢弃的雨伞和绸缎将他团团围住，手艺人不为所惧，拿出随身携带的针头线脑缝补这些充满悲怨的旧物。《火要镇》商人之女若（早见沙织 配音）和邻家男孩年松吉（森田成一 配音）青梅竹马，两情相悦 。但是家境悬殊的二人终究有缘无分。即将出嫁的小若不慎引燃烛火，可在那一刻她却突然停止灭火呼救的念头。
《GAMBO》某座山村饱受巨大的赤鬼困扰，村民不得不将少女奉献出去以求苟存。村中最后一个女孩（田村睦心 配音）在森林里遇见可怕的白熊，她诉说了心中的苦衷，而白熊却像听懂了一般杀向赤鬼的老巢。《别了武器》一伙全副武装的战士来到早已成为废墟的都市，他们高度戒备，全力备战，只为围捕一辆无人驾驶的战车。

枪杀刑警片冈后，大友（北野武 饰）在韩国代理人张会长（金田时男 饰）的庇护下亡命济州岛。这个远离日本江湖的极道，却因某起事件和花菱会少壮派花田（皮埃尔泷 饰）起了冲突。此时花菱会由前任会长的女婿野村（大杉涟 饰）统领，作为若头的元老西野（西田敏行 饰）则根本不买这个外行老大的账。故而，怀恨在心的野村密谋借此次“济州岛事件”除去西野，并嫁祸张会长，谁知却很快演变成互相追杀彼此首脑的大战争。战争期间，没落的山王会图谋再起，而为给小弟报仇的大友也带着市川（大森南朋 饰）等人来到东京。秉承着仁义之心的大友，将为这个利欲熏心的黑道修罗场带来一场血腥风暴……
本片为北野武“极恶非道”系列三部曲的最终章。