宇宙世纪U.C. 0068年，慕佐自治共和国的吉恩‧兹姆‧戴肯在发表独立演讲时猝死于众人面前，引发风潮。受困于此的戴肯家的一对兄妹在经历一系列变故后，自宇宙都市逃往地球……

宇宙世纪U.C. 0079年1月23日，吉恩与地球联邦间决定性的会战终于在SIDE 5鲁姆爆发。被逼入绝境的吉恩拿出秘密作战计划，通过扎古特别突击大队一举逆转战况。夏亚驾驶着扎古 Ⅱ立下赫赫战功并因此晋升为少校，更获得“红色彗星”的美名。鲁姆会战后，地球联邦军策画了对抗吉恩军的“V作战”。远在 SIDE 7的少年阿姆罗‧雷则无意中发现了“高达”的秘密。另一方面，在地球的南极大陆，吉恩及地球联邦两军间正在进行和平谈判，却从月神二号向全世界发出了某项声明……

宇宙世纪U.C. 0079年，人类的战场正式进入宇宙。势如破竹的吉翁军发动了不列颠作战，由于在战争中太空殖民基地坠毁在地球，导致超过半数的世界人口死亡。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势，以压倒性的战力向吉恩军发起挑战。扎比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的塞拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连生活在SIDE 7 的阿姆罗和芙劳平稳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌驾驶员的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的“鲁姆会战”即将展开……