小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。
遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。

曾经热爱唱歌的坂井和奏（高桓彩阳 配音）在母亲去世后就此紧闭了双唇，愧疚和悔恨一直折磨着她脆弱的灵魂，这也导致本来在年音乐特长班的她转到了普通班。一次偶然中，和奏认识了同班同学宫本来夏（瀬户麻沙美 配音），来夏对音乐的热爱感染了和奏，也唤起了她对于音乐久违的热情。冲田妙羽（早见沙织 配音）的出现彻底奠定了和奏重拾音乐的决心，合唱部应运而生。
随着维也纳转学生前田敦博（花江夏树 配音）的出现，合唱部的人气达到了顶峰，有了音乐的每一天，和奏都和伙伴们快乐的渡过着，母亲坂井真昼（大原沙耶香 配音）给和奏带来的困扰也逐渐的转化为了生活的动力。