本书由章太炎、胡适的个案出发，对于二十世纪的学术转型进行论述，从而展开专题研究。为了展现中国学术转型的复杂性，尤其是发掘各种被压抑、被埋没的声音，挑战已经相当严密的以西学东渐为代表的“现代化叙事”，作者提出了一个基本设想：晚清及五四两代学人的共同努力促成了中国学术的转型，并以大量的论据、严密的论证证明了这一点。

《近代中国的百科辞书》主要内容：所谓学术史研究，说简单点，不外“辨章学术，考镜源流”。通过评判高下、辨别良莠、叙述师承、剖析潮流，让后学了解一代学术发展的脉络与走向，鼓励和引导其尽快进入某一学术传统，免去许多暗中摸索的X-夫——此乃学术史的基本功用。至于压在纸背的“补偏救弊”、“推陈出新”等良苦用心，反倒不必刻意强调。为，当你努力、体贴、描述和评判某一学术进程时，已有意无意地凸显了自家的文化理想及学术追求。
其实，此举并非今人的独创。起码黄宗羲的《明儒学案》、江藩的《国朝汉学师承记》已着先鞭，更不要说梁启超、钱穆各自独立完成的《中国近三百年学术史》。至于国外，同类著述也并不少见，单以近年译成中文的为例，便有古奇的《十九世纪历史学与历史学家》、丹尼尔的《考古学一百五十年》、尼古拉耶夫等的《俄国文艺学史》、勒高夫等的《新史学》，以及柯文的《在中国发现历史》等。