经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
本片为SPEC系列完结篇的前篇。

似乎没有任何征兆的一天，27岁的志村朔美（仓科加奈 饰）突然遭遇严重车祸。当她再度醒来时，发觉自己丢失了过去十年的记忆。此时的她只记得17岁那年12月以前的事。前男友细见良彦（中野裕太 饰）的到来让她满心欢喜，尝试着改变自己性别的高中同学大岛薰（伽奈 饰）也受朔美母亲之托来照顾她。家庭重组，当年美术部的男孩去世，完全不认识的女子恶意咒骂。十年的空白，让朔美兴奋之余不知所措。在良彦和薰的陪伴下，她有意识地寻找失落的记忆，关于爱，关于恨，关于伤心与绝望，有如海水退潮后沙滩上的贝壳，渐次浮现……
本片根据狗饲恭子的原作改编，岩井俊二担任配乐。

坐落于茫茫大海中央的南大东岛，当地的孩子们要想继续高中学业只有乘船前往三百公里外的冲绳本岛。没到15岁的夏天，岛民们便为民谣组合博罗蒂诺女孩的适龄姑娘们举行告别仪式，而女孩们也将唱响那首感人肺腑的《再见》，对生养了他们的父母致以深深的谢意。送走了前辈，博罗蒂诺女孩的优奈（三吉彩花 饰）也迎来了她在岛上的最后一年。她的哥哥姐姐之前相继离岛，母亲（大竹忍 饰）也为了照顾他们的起居前往本岛。留在当地的父亲（小林薰 饰）和优奈相依为命，优奈隐隐感受到父母之间的不安。她挂念孤独的父亲，也为青涩的恋情踌躇。
前路漫漫，唯有悠扬的旋律伴她同行……

假期到来，在东京求学的男生宫濑惠介（西岛隆弘 饰）回到老家，并在一家名为“银映馆”的老式电影院应聘打工。由于地处乡下，影院只有经理南川（井上顺 饰）和她的老婆以及年轻美丽的女技师长杉本流花（三根梓 饰）支撑。南川对宫濑约法三章，不准探寻技师长的过去；技师长在周一会出现异样，此事不许插手；绝对不允许和技师长恋爱。虽然匪夷所思，不过宫濑还是满口应承下来。在接下来的日子里，他从手忙脚乱的新人逐渐成长为技术熟练的合格技师，与此同时也和流花的交流多了起来，并开始了解到这个女孩的过去。
充满怀旧气息的光影下，女孩的秘密渐渐清晰……