《惊喜》勤恳的派遣员工藤村优希（多部未华子 饰）渴望像同事那样得到来自恋人的惊喜庆祝，于是男友和健斗（马场彻 饰）和周围的人为她送上一波又一波超乎寻常的惊喜；《奔跑的相扑弟子》上班族信田（仲村亨 饰）和后辈龟井（音尾琢真 饰）喝酒时惹到了旁边的相扑弟子，随后他们被对方追着满街跑；《未来小偷》腰缠万贯的学者大叶国正（吉田钢太郎 饰）正走向死亡，他利用人格交换机和对周遭一切都不满意的青年白井直辉（神木隆之介 饰）交换了身体，两人各自去追寻认为最有价值的东西；《冷》家庭主妇志仓赖子（若村麻由美 饰）不慎被关在打工超市的冷库中，当她获救后却发现自己越来越怕冷；《FANAMO》近未来的人们通过身体改造，可以将粪尿变成一种被称为“FANAMO”的黑色圆柱体，对该技术持抵触情绪的温子（户田惠梨香 饰）不得不和已经接受改造的恋人拓也（平山浩行 饰）面临重大的抉择。

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？

经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流（加濑亮 饰）终于随着当麻（户田惠梨香 饰）重返阔别已久的未详，只是此时来自公安部公安五课的市柳（でんでん 饰）和吉川（北村一辉 饰）握得实权，令濑文等人颇为气闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑衣男子射杀，同时遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了黑衣人真实容颜的少女久远望（谷村美月 饰）便成为对方追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕……

工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约30名同学会合。
众人刚登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう）、导游西田麻衣（水川あさみ）、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警惕。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无头绪，他再接绑架预告电话。

铃木财团最新的高级酒店落成，小兰（黑川智花 饰）、阿笠博士（田山凉成 饰）、柯南（藤崎直 饰；高山南 配音）、灰原哀（柴田幸花 饰；林原惠美 配音）受到园子（岩佐真悠子 饰）的邀请出席了隆重的开幕仪式。与此同时，“日本小姐”评选大赛庆功宴也在酒店同期召开，可就在此前不久，针对日本小姐获奖者寿可怜（奈都纪 饰）的威胁书送到了负责人的手中。当所有人都高度紧张的时刻，可怜突然失踪，当她再次出现在众人面前时，却已被杀害，以提线木偶般的恐怖形象登场。
诡异的是，柯南和哀在吃了某个蛋糕后神奇地恢复成工藤新一（小栗旬 饰）和宫野志保（香椎由宇 饰）的本尊形象。他们一面要追查杀害可怜的真正凶手，一面要准备与躲在暗处的黑暗组织展开对决……

在青梅竹马小兰（忽那汐里 饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平 饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则 饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜 饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌。工藤新一就在1万英尺的高空展开推理。好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介 饰）的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次（松坂桃李 饰）展开竞技般的推理……
本片根据青山冈昌的同名人气漫画改编。

炎炎夏季，金田一（山田凉介 饰）和七濑美雪（川口春奈 饰）、佐木龙二（有冈大贵 饰）两名好友前往著名的狱门补习学校参加集中培训。当他们正聊天玩笑时，突然警铃声大作。校舍走廊内，名为茂吕井的学生手按在警铃上，惨遭毒害。经金田一缜密推理，确定这是一起有针对性和计划性的杀人事件。未过多久，他们重逢香港警员李白龙，并得知策划了九龙事件的真凶正是人称地狱傀儡师的高远遥一，一个自称犯罪艺术家的国际通缉犯。此前高远正展开一系列的艺术犯罪计划，而他则将下一个目标锁定在正准备前往马来西亚参加集训的金田一身上。神秘莫测的对手，异国他乡的较量……
日本电视台开播六十周年纪念作品。

某日，正在调查「伽利略」第一集事件的贝冢北署的弓削，从本署的3位女警处被叫至取调室听取内情。正片是从调查在弓削之前一笔略过的「田园调布鼠男事件」的搜查文件开始的。「田园调布鼠男事件」中被杀的2人，由于嫌疑犯留下遗言并安排了自杀，而被认为该事件已经解决。但是，发生了与3年前的「田园调布鼠男事件」同样手法的犯罪行为。
本片是《伽利略》第一回的副篇，也就是《伽利略》的番外篇

本集SP为《神探伽利略》系列的第0章，以TV版汤川学与内海熏相遇前三年的一起案件为主线。三年前的一天深夜，某海岛小屋发生了一起密室杀人案。被害人在反锁的屋内被锐物刺穿胸背，所在小屋亦被烧毁。已为警察的草薙俊平（北村一辉 饰）回到母校帝都大学，邀请12年不见的老同学汤川学 （福山雅治 饰）协助破案。汤川一行来到案发现场附近，一边享受海滩风光一边寻找案件线索。随着杀人案侦破工作的推进，只为还原案件物理原理的汤川逐步逼近着案件的真相，只是此时的他尚未意识到，人心亦是一门科学……
片中亦穿插了一段汤川与草薙的往事。在海风的吹拂下，草薙向汤川的学生塩野谷（长泽雅美 饰）讲述了一起令他与年少汤川（三浦春马 饰）在大二结缘的案件……
SP根据该系列小说中《操纵》与《坠落》两篇故事改编，与剧场版《嫌疑人X的献身》同天推出。