在澳洲大堡礁的深海中，小丑鱼爸爸玛林和儿子尼莫简单幸福的生活着，可是爸爸做事常常畏首畏尾，是个胆小鬼，尼莫觉得爸爸很不勇敢，甚至有点看不起自己的爸爸。小尼莫却天不怕地不怕，跟同伴们去水面玩耍的时候，竟然被渔网捞了起来，辗转被卖到一家牙医诊所。玛林对儿子的生死未卜感到十分的担忧，就算平时不能大胆行事，为了儿子也要勇敢豁出去了。可是在路上遇到了很多艰难与恐惧，令他十分胆怯。幸好他遇到了好心的多瑞，一路与他作伴。父子俩都遇到了很多热心的帮助，最终都能重逢，玛林也从此成为儿子以及大家心中的英雄。

在宁静祥和的摩尔王国，广袤的大森林中，动物与精灵和谐相处，无忧无虑。那一年，天真无邪的小仙女玛琳菲森（伊莎贝尔·莫洛伊 Isobelle Molloy 饰）邂逅了人类小男孩斯特凡（迈克尔·希金斯 Michael Higgins 饰）。他们两小无猜，成为亲密无间的好朋友， 更在万物的守护下坠入爱河。但是随着年龄的增长，斯特凡（沙尔托·科普雷 Sharlto Copley 饰）褪去了往日的纯真，被人类的贪欲所吸引。而玛琳菲森（安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 饰）则成长为法术强大的仙女。愚蠢的人类向摩尔王国开战，斯特凡为了成为王位继承者，残忍地割下了玛琳菲森的翅膀。
肉体的痛苦和心灵的创伤，让玛琳菲森变成了满怀仇恨的冷酷魔女，为了复仇她给斯特凡的女儿爱洛公主（艾丽·范宁 Elle Fanning 饰）施下了沉睡魔咒……