故事发生在1944年的德国，伊丽莎白（琳达·汉密尔顿 Linda Hamilton 饰）带着儿子福瑞斯（Matthew Harbour 饰）藏身于森林木屋之中，以躲避战火带来的伤害。某日，三名受伤的美国士兵敲响了伊丽莎白家的房门，他们需要一个地方修养疗伤，无奈之下，伊丽莎白只得让他们进屋，但前提条件是他们的武器必须留在屋外。
没过多久，又来了三名不速之客，他们是德国士兵，在小小的木屋之中，互为敌对的两方人马狭路相逢，艰难维系着表面的平和。圣诞节来临了，众人围坐在餐桌前，共同庆祝这个上帝赐予他们的节日，杯筹交错之间，大家放松了下来，暂且忘记了各自的国籍和立场，气氛开始缓和起来。

世界核战争后，政府给每个人注射一种麻痹情感神经的药物，使人们封闭感情，变成行尸走肉。 约翰·普雷斯顿（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）是政府军事部门高级官员。他摧毁一切艺术品、工艺品，并将一切抗令不抛弃自己感情的人杀死，同事艾洛·帕特杰（肖恩·宾 Sean Bean 饰）因藏有一本违禁书籍也未曾幸免。一次行动中，约翰遇到玛丽·欧布莱恩（艾米丽·沃森 Emily Watson 饰）。她使得约翰开始断绝药物，试图体会有感情的生活究竟是一种什么样的滋味。他被那些第一次出现在他生命里的奇妙动人景象所陶醉了，也深深的为每天履行的破坏艺术的行为感到愧疚和内疚。 他的反常行为，被一直窥探其位置的新同事布兰特（泰雅·迪格斯 Taye Diggs 饰）看在眼里，于是想尽办法，试探约翰的虚实。在工作与道义之间，在危险与安逸之间，在情感与沦丧之间，约翰又会做出怎样的抉择呢？

杰森·伯恩（马特·达蒙 饰）在意大利被人从海上救起，他失去了记忆，除了臀部的瑞士银行帐号之外，他完全没有办法证明自己的身份。
杰森从瑞士银行找到了大量的现金，六本护照，一把枪，同时他发现自己格斗、枪械、和语言等方面的能力，他开始追查自己的身份，并且把陌生女子玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）也卷了进来。两人从瑞士到巴黎，一路上受到神秘杀手组织的追杀，危机重重。
杰森能否化险为夷，找到自己的真实身份？他是否有勇气面对真相？

为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心——蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统“红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难……四小时后，蜂巢安保人员爱丽丝（米拉·乔沃维奇 饰）在蜂巢出口醒来，并且因为催眠气体而失忆。一支受命关闭红色女王的特种小队来到此处，与爱丽丝、自称警察的安德森，以及蜂巢工作人员帕克斯组队深入地下。一行人因任务目标与红色女王冲突而先后遭遇保卫系统和丧尸的连番袭击，而爱丽丝渐渐恢复的记忆揭示了她与同行者非同一般的联系……

年青的工程师亚历山大·哈德金乘坐自己制造的时光机器出发，却意外来到了80万年后的未来。那时地球人已经分化为对立的莫洛克人和伊洛人，伊洛人是讨人喜爱，居住在平静的世界内，但莫洛克人却完全相反，他们是寄居在地下世界的怪物，每当入黑时，他们就会出动掳走伊洛人，除此之外他更发现在这个未来世界的背后正在隐藏着一个黑暗的秘密……。不久亚历山大更发现了一个隐藏在这一切背后的邪恶秘密，紧张刺激的剧情也将由此展开。

朝圣者在日食之时来到神秘的大教堂门外。
拄着手杖，他洞开可教堂的大门。教堂里充满诡异且压抑的气氛，两旁林立着枯槁的神像。神像的脸追随着朝圣者的步伐转动，朝圣者穿过神像，来到悬崖边上。
这时日食过去，阳光透过林立的枯槁神像射向朝圣者。那光芒明亮耀眼，直刺向朝圣者的胸膛。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……