前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。
在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
本片为SPEC系列完结篇的前篇。

因羽田机场天气情况不佳，一架飞往东京的航班暂时停靠在一天只有两架飞机降落的松本机场。地勤大河内千草（竹内结子 饰）严阵以待，打起十二万分的精神应对旅客的各种要求，此外还为村木主任（甲本雅裕 饰）死缠烂打的求婚告白颇费脑筋。少顷，刚刚结束葬礼的鹤桥一家抵达候机大厅。长男藏之介（生瀬胜久 饰）一心筹划兴建天文馆，为此缠着妹妹和妹夫借钱。身为律师的妹夫田野仓守男（香川照之 饰）道貌岸然，情人百合子（户田惠梨香 饰）暗中随行令他焦灼万分。妻子美代子（神野三铃 饰）察觉丈夫的异状只能自吞苦果，这时却邂逅了帅气的飞行员（小田切让 饰）。田野仓的一双儿女也各有各的心事，丈人鹤桥清正（绫田俊树 饰）则抱着亡妻的骨灰独坐一隅。
千草周旋在鹤桥一家身边，不经意间得知了他们的许多秘密，也见证着他们之间隐隐的羁绊……

北岛进之助（藤木直人 饰）是一名牛仔，从小生活在大自然之中，使他养成了桀骜不驯的奔放性格。某日，进之助从美国回到了故乡日本，在这里，他要完成一项任务。原来，进之助受朋友所托，来到东京涉谷，寻找一位名叫芋子的女孩，她曾经是朋友的救命恩人。然而，寻人计划尚且还没有什么眉目，进之助就已经开始在涉谷街道中惹是生非起来。
进之助在繁华的涉谷“大展拳脚”、“惩奸除恶”，没过多久就成为了当地名人，更是遭到了涉谷商会众人的强烈吐槽。之后，他又和盘踞在涉谷的一群辣妹产生了矛盾，并且遇上了名为纱纪（户田惠梨香 饰）的女子。