厌倦了无聊生活的高中生纲岛庆太（窪田正孝 饰）和朋友相约离家出走，在路上却偶然遭遇一场离奇事件。一台巨大的工程车陷入疯狂，不断向他袭来。危急时刻，神秘男子泷本壮介（津田宽治 饰）连同其会说话走路的搭档手机老7及时出现，拯救了庆太。一番恶斗之后，工程车被成功降服，而泷本也伤重而亡。
以此为契机，关键时刻展现出过人胆识的庆太被一个名为“under ANCHOR”的神秘组织吸纳。该组织旨在防治当下频繁出现的网络高科技犯罪，手机战士则是该组织的重要组成部分。庆太和泷本的搭档老7成为朋友，并在一次次危机中成长起来……

在一座仿佛与世隔绝的女子艺术学校内，女孩们无忧无虑享受着斑斓的青春。绘画教室中，有如君王的美术老师（金子统昭 饰）站在最顶端，而少女们则充满敌意地死盯着被称为天才的女孩蓝（清野菜名 饰）。蓝讨厌周遭的一切，她经常躲到一间教室内打造着怪模怪样的机器。她的身心漫步伤痕，却依旧被无良的学校当作宣传广告。少女的欺凌充满恶意而没有底线，充满不祥预兆的地震则一次次突然降临。
不知不觉中，仿佛有什么可怕的事件即将发生，蓝则身处恐怖漩涡的最中央……

“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。

少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。

同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。

在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。

少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。