经历了第一集的冒险考验，善良勇敢的帕丁顿熊成为了布朗家的一份子，顺利在伦敦安家，同时他也惦记着远在秘鲁的露西婶婶。他朝思暮想、努力工作，希望自己能在露西婶婶一百岁生日的时候，为她送上一份特别的礼物。就在这个时候，帕丁顿熊误打误撞“幸运”地获得了一张神秘藏宝图，但离奇的事情也随着这张藏宝图的出现接连发生，城中宝物频繁失窃，很多证据竟然都对准了帕丁顿熊，布朗家似乎陷入了一张被精心编织的大网中，等待他们的是难以想象的可怕对手和前所未有的惊险挑战……

在神秘的秘鲁，生活着一种十分稀有的果酱熊，他们拥有非常高的智商和语言能力。当年果酱熊夫妇帕斯图佐和露西曾与来自伦敦的探险家结下深厚的友谊，并且学到了压制果酱的技巧。时至今日，一场灾难摧毁了果酱熊安宁快乐的生活，露西阿姨将淘气的侄子送上开往伦敦的邮轮，嘱咐他在那个友好的国度展开新的生活。万里漂泊而来的小熊懵懵懂懂来到帕丁顿火车站，可是当代人的冷漠却让他倍感失落。幸运的是小熊遇到了布朗一家，并且得到了一个好听的名字——帕丁顿（本·卫肖 Ben Whishaw 配音）。善良的女主人玛丽（莎莉·霍金斯 Sally Hawkins 饰）殷切要帮助帕丁顿找到可以栖身的地方，而男主人亨利（休·博内威利 Hugh Bonneville 饰）则时刻想把这个突如其来的麻烦赶走。
在此过程中，搞怪不断的帕丁顿和布朗一家关系逐渐融洽，而自然历史博物馆的标本师米莉森特（妮可·基德曼 Nicole Kidman 饰）则怀着邪恶的目的悄然向帕丁顿接近……