后斯诺登时代，中情局系统被黑客入侵， 多项特工计划可能泄露。与此同时，中情局还发现了杰森·伯恩和好搭档尼基·帕森斯的踪迹。年轻的网络专家海瑟·李自告奋勇追踪伯恩，而伯恩也在寻找着关于自己身世的惊天黑幕。中情局高官杜威是知晓一切幕后秘密的人，他、海瑟·李和伯恩之间的角力让故事充满悬念，不到最后一刻，就无法了解真正的结局。

失去了心爱的女人，杰森·伯恩（马特·戴蒙 饰）面临更为艰难的日子，他努力回忆，却只能在睡梦中被脑海里一知半解的闪回所惊醒，依然无法记起自己的身份。
但是伯恩注定不是平凡人，不等他冷静下来好好“找回”自己真正的身份，中情局派出的杀手又接踵而至。在接连的几次较量之后，伯恩终于被彻底激怒，决定反戈一击——他主动追击杀手，到过莫斯科、马德里。巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留。
随着问题一个一个解决，杰森回到了纽约，在那里，他将会找到一切的答案，寻回自己的身份。

经历过腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽也在逃亡途中被杀。
为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇。