在这个世界上，存在着能够永生不死的人类，即使遭到致命的重创，也会在短时间内迅速恢复，人们称之为“亚人”。永井圭（宫野真守 配音）是一名平凡的高中生，某日，一场车祸让他亚人的身份曝光，随即遭到了有关政府部门的高价通缉，在曾经的好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了永无止境的逃亡之路。
途中，永井圭结识了同为亚人的佐藤（大冢芳忠 配音），佐藤想将永井圭纳入自己暗中组建的亚人团体之中，敏感的永井圭却发现了佐藤隐藏极深的真实面目和目的。亚人一直遭到政府的迫害和残酷研究，因此佐藤企图通过一系列恐怖袭击活动来夺回属于亚人的权利，永井圭则投靠了亚人管理委员会的户崎（樱井孝宏 配音），在他的带领下对抗强大的佐藤。在亚人和人类之间，一场充满了硝烟和鲜血的战争即将拉开序幕。

“亚人”是1980年代开始渐渐出现在人类视野之中的新人种，他们源自于人类，有着和人类一样的外貌，却有着不老不死的肉身，只有一个人类死亡之后，才能够判断他是否为亚人。人类恐惧亚人身上所蕴藏的强大力量，对他们发起了严酷的追捕和研究。
永井圭（宫野真守 配音）是一位平凡的少年，拥有高超的智商和优秀的成绩，某日，在一场交通事故中，永井圭不幸丧生，随后变为亚人，遭到了军方的通缉。在童年好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了逃亡的旅途，期间遇到了身份神秘的帽子男佐藤（大冢芳忠 配音），虽然佐藤和永井圭同为亚人，但不知为何，佐藤将永井圭视为了敌人。

第 1 季包含《波之国篇》和《中忍考试篇》

《波之国篇》（日语：波の国編）火影忍者动画开篇，在2002年10月3日－2003年4月2日期间播出，改编自原作漫画的第1－44章。主要讲述成为下忍的漩涡鸣人、宇智波佐助和春野樱组成由旗木卡卡西带领的第七班，受令执行他们的首个“C级任务”，保护一名来自波之国造桥师的安全及免受“雾隐鬼人”侵袭。

《中忍考试篇》（日语：中忍試験編）火影忍者第二篇章，在2003年4月2日－2003年10月1日期间播出，改编自原作漫画的第45－89章。主要讲述波之国任务结束不久，木叶村迎来一年两度的“中忍选拔考试”，第七班与其他同期下忍都获得推荐参加，使他们必须想办法应对危机四伏的考试难题、以及来自其他村子的“强敌”。

在樱花烂漫的季节里，无忧无虑的草帽海贼团尽情享受快乐时光。途中乔巴救上了一个魁梧健硕的家伙，最引人注目的是他的右腕装配了用海楼石做成的机械手腕，凡是触碰过手腕的人均能力尽失。原来此人便是曾经培养出无数优秀弟子的原海军大将Z（大冢芳忠 配音）。苏醒后的Z得知路飞（田中真弓 配音）等人的身份后反目成仇，与随后赶来的下属艾伊（筱原凉子 配音）和宾兹（香川照之 配音）对草帽海贼团予以残酷无情的重创。原来Z因某件往事而对海贼极度憎恨，此时他正酝酿一项恐怖计划，势要带领“NEO海军”将新世界的海贼一举歼灭。他的行动引起海军本部的忌惮，而惨败的路飞等人也将向这个前所未有的敌人展开新的挑战…… 　　本片为同名漫画改编的剧场版动画，原著作者尾田荣一郎担任制作总指挥，艾薇儿演唱主题歌《How You Remind Me》和《Bad Reputation》。