炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。

曾几何时，世界上突然出现无数身形庞大的巨人，普通人类的生命受到前所未有的威胁。为了保护自身安全，最后的人类筑起三座高墙：玛莉亚、露丝和希娜。人类迎来了长达一个世纪的和平岁月，却也让自己成为圈养在笼中的鸟儿，屈辱地失去自由。845年，高达60米的超大型巨人和铠之巨人登场， 摧毁了最外层的玛莉亚之壁，也惊醒了人类似乎永远不会苏醒的长梦。在此事件中，不愿蜷缩在墙内的少年艾伦·耶格尔（梶裕贵 配音）亲眼目睹母亲遇害，由此更坚定了他加入调查兵团的决心。在此之后，艾伦和青梅竹马三笠·阿克曼（石川由依 配音）、好友阿尔敏·亚鲁雷特（井上麻里奈 配音）加入第104期训练兵团，发誓成为足以消灭所有巨人的英勇战士。百年的和平结束，人类和巨人的战争再度拉开序幕……
本片根据谏山创的同名原作改编。

为追踪4名血继限界继承者的下落，小樱、漩涡鸣人、卡卡西和佐井奉命前往。但在岩隐和草隐交界的须弥山失去目标，鸣人和佐井也身受重伤。在此之后，自称卑留呼的前木叶村忍者单方面宣战，他之前因修习鬼芽罗术而被逐出木叶，而今他企图集齐5个血继限界成为不死的完美忍者，进而发起第四次忍界大战。在此危急时刻，卡卡西感受到来自卑留呼的召唤。失去最重要的导师，鸣人、木叶村乃至忍者诸国面临前所未有的挑战……

第 1 季包含《波之国篇》和《中忍考试篇》

《波之国篇》（日语：波の国編）火影忍者动画开篇，在2002年10月3日－2003年4月2日期间播出，改编自原作漫画的第1－44章。主要讲述成为下忍的漩涡鸣人、宇智波佐助和春野樱组成由旗木卡卡西带领的第七班，受令执行他们的首个“C级任务”，保护一名来自波之国造桥师的安全及免受“雾隐鬼人”侵袭。

《中忍考试篇》（日语：中忍試験編）火影忍者第二篇章，在2003年4月2日－2003年10月1日期间播出，改编自原作漫画的第45－89章。主要讲述波之国任务结束不久，木叶村迎来一年两度的“中忍选拔考试”，第七班与其他同期下忍都获得推荐参加，使他们必须想办法应对危机四伏的考试难题、以及来自其他村子的“强敌”。