医生威廉姆(汤姆•克鲁斯 Tom Cruise 饰)携太太(妮可•基德曼 Nicole Kidman 饰)参加他的一位主顾――当地一个名流――家里举行的晚会时，巧遇了他的一位大学同学－－在晚会上担任钢琴师的尼克。
当晚，威廉姆因公外出。料理完公事后，他在一家酒吧再次遇到了尼克，尼克告诉了他有这样一个秘密舞会：在舞会上，所有的人都穿着晚礼服，戴着面具，到处都是裸体的美女。威廉姆禁不住好奇，再三乞求尼克，尼克告诉了他举行那个舞会的地址和入门的暗语。
威廉姆匆匆准备后，展开了一次如幻如梦的冒险之旅。过程充满了诡异和神秘，背后的玄机更是令人无法参透。

在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变种人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变种人的联盟连续对X教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将进一步揭晓。