进藤光是一个小学6年级学生。有一天，小光跑到爷爷家里寻宝，想赚些零用钱，没想到偶然翻出了一个旧棋盘，就在分接触棋盘的一瞬间，附身于棋盘之上的平安时代天才棋士——藤原佐为的灵魂进入了他的体内。佐为热爱围棋如同生命，小光受到他的熏陶，逐渐对围棋产生了兴趣。
在围棋班上，小光听说各地都有围棋会所，便赶紧跑去下棋。不料在棋场中结识了围棋名人天才少年塔矢亮，为了测试佐为的实力，小光贸然与塔矢亮对弈，结果小胜对手。他误认为佐为的棋力仅能赢过与自己同龄的孩子，对此十分不满，然而塔矢亮却大受打击，失意至极。数日后，塔矢亮再次向小光挑战，虽然他对小光藐视围棋的态度妒火中烧，无奈再次惨败于小光之手，塔矢亮连番受挫，内心更加苦闷，小光应明明邀请，参加了叶濑中学的校庆活动，在会场上他向围棋部的棋谱问答发起挑战，并由此结识了将棋部的加贺……

在这一续集里，主要描写的是一群围棋少男少女们如何面对前辈们留下来的恩恩怨怨，如何面对他们的友谊，如何面对发生在他们之间的情感冲突，导演把追求理想做为了全续集的重点，细腻的人物心理刻画和情感的塑造，进一步拉近了与现代青少年生活间的距离。新的续集中除了原女棋手方百花外，还增加了开小棋馆的女主人小芸，为能参加国手大赛而女扮男妆的 “陈公子”，及日本的“小百合”，使原本钢劲硬朗甚至有些残酷激烈的故事一下平添了几分柔美几分温情。 　　续集把“和谐”这一主题上升到一个高度，既表现为少男少女间的友谊、棋手间的关系，又更深层次的表现为一种亦敌亦友的态度、宽广和睦的人生境界、国与国间的真正情谊。 　　续集在围绕小主人公江流儿成为“围棋英雄”的情节设置中，还安排了一个“野蛮”的围棋少年高手“棋鬼王”，在日本少年棋手黑木与日本新“名人”组成的围棋三人组来到了中国时，危机之中凌云寺里的江流儿和“棋鬼王”抛弃前嫌与女棋手方百花组成了新三人组，于是挑战、迎战，一场惊心动魄的围棋大战，伴随着一件件让人始料不及的事件终于爆发了

故事发生在明朝末年，倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击，代表着正义的围棋精神和代表着邪恶的围棋精神激烈交锋，平静的表象之下弥漫着浓烈的硝烟。江流儿（徐刚 配音）被父亲寄养在凌云寺，在那里，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德（王肖兵 配音）的赏识。
江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王（袁国庆 配音）通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。在圆德和尚的鼓励之下，江流儿正式走入了围棋界，决心参加界内最权威的比赛——围棋国手大赛。然而，单纯善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。