20年代末，为完成师父的志愿，陈真（李连杰 饰）到日本学先进技术，求学中的他喜欢上了日本女孩山田光子（中山忍 饰）。因为师父霍元甲之死，陈真回到中国，协助师父之子霍廷恩（钱小豪 饰）主持精武门的业务，不料却引起了他的妒忌，师兄弟之间引发权力之争。
另一方面，陈真追查师父死因，怀疑是日军军官藤田刚（周比利 饰）暗中使用慢性毒药杀死霍元甲。陈真请医生验尸，证实师父确系中毒而死。藤田刚恐阴谋败露，杀人嫁祸，展开了连场恶斗。不久，藤田刚挑战精武门，他诱使日本黑龙会总教头船越文夫向精武馆挑战。比武之日，双方开展了一场惊心动魄的决战。

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。