2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。
在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

经验尚浅的小律师青砥纯子（户田惠梨香 饰）应聘上了大型律师事务所名律师芹泽豪（佐藤浩市 饰）的助理。就职第一天，既忐忑又兴奋的纯子被交代了去和大型商贸公司的社长会面，并被告知要顺着对方的意思。纯子在迷糊中答应了社长的私人请求，即帮忙调查新日本葬礼社社长的密室死亡案件。
而芹泽这边，因为纯子的原因意外被关进了银行的金库里，在大家都焦头烂额的情况下，来自保安公司的榎本径（大野智 饰）完成了不可能的任务，以高超的技术开启了金库的大门。好奇心爆棚的纯子因此拜托对密室有兴趣的榎本参与解决这桩密室死亡事件。
于是芹泽、纯子和榎本组成了密室案三人组，接二连三阴差阳错地解决了各类密室杀人案，上锁的房间一一被开启。沉默寡言一心研究撬门溜锁的榎本也在一系列的案件中得到了芹泽和纯子的信任和喜爱，而榎本的背后似乎掩埋着什么不可告人的秘密？

经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流（加濑亮 饰）终于随着当麻（户田惠梨香 饰）重返阔别已久的未详，只是此时来自公安部公安五课的市柳（でんでん 饰）和吉川（北村一辉 饰）握得实权，令濑文等人颇为气闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑衣男子射杀，同时遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了黑衣人真实容颜的少女久远望（谷村美月 饰）便成为对方追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕……

拥有直升机紧急救援的大学附属医院迎来了一批实习医生。他们分别是蓝泽耕作（山下智久 饰）、白石惠（新垣结衣 饰）、绯山美帆子（户田绘里香 饰）和滕川一男（浅利阳介 饰）。直升机每天平均运送7到8个急救患者，能协助医生坐上直升飞机是对其应变能力和医术的证明，大家都跃跃欲试。
四人的性格各不相同。蓝泽最有能力但过于冷静；白石理论知识很强但缺乏魄力；绯山表现欲强但易冲动；滕川则相对平庸做事马虎。最初开始的紧急救援让大家手忙脚乱，看似拉风的直升机需要与之相应的能力与魄力。在一系列救援的过程中，他们直面死亡与无奈，也鉴证奇迹，体味人情。互为竞争对手的他们，谁能最终留下来？还是携手共进？

掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？

阪急电车，是现今在宝冢和西宫北口之间服役的全程约15分钟的电车。除始发站和终点站外，期间还将经过宝冢南口、逆濑川、小林、仁川、甲东园、门户厄神等六个车站。围绕着这条普通而短暂的交通线，平凡人的悲欢离合在此交替上演。性格刚强的高濑翔子（中谷美纪 饰）被男友抛弃，她执着地以 最华美的装扮出席了男友的婚礼；女大学生美纱（户田恵梨香 饰）拥有帅气的男友，可是对方却是个动不动就形诸暴力的恶男；全职主妇康江（南果步 饰）不得不和一群聒噪的中年妇女出行，这令她倍感不适；来自小地方的美帆（谷村美月 饰）、圭一（胜地凉 饰）与大都会的风气格格不入，他们却在对方的身上找到了共通点。行色匆匆的车站，见证着人们心灵的些微变化……
本片根据有川浩的短篇连载小说集改编。