当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德（理查德•阿滕伯勒 Richard Attenborough 饰）曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士（杰夫•高布伦 Jeff Goldblum 饰），邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉（朱丽安•摩尔 Julianne Moore 饰）已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。
在索纳岛上，另一组野蛮的探险队已经先期到达，他们抓捕恐龙将其卖到外国。利欲熏心使得这些贪婪之徒全然不顾危险，竟然打起暴龙的主意。索纳岛旋即变成恐怖的屠杀地狱……

小埃利奥特（亨利托马斯）发现一个意外走失的小外星人，他悄悄的收留了小外星人，并把他介绍给自己的哥哥和妹妹。孩子们与外星人友好的相处，给他吃巧克力，带他去郊外寻找家人留下的痕迹，并为小外星人的种种特异功能兴奋不已。渐渐的埃利奥特与外星人之间形成了某种奇妙的联系，跨越了言语沟通的障碍。
可是不久，外星人的存在被大人们知晓，无情的追捕行动展开了。ET被抓进实验室，小埃利奥特也一病不起。孩子们愤怒了，他们自发组织起来，营救外星人。埃利奥特也在心灵的感召下苏醒过来，加入营救行动。他们能成功么？