明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。
各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……

公元337年的东晋时期，门第风气极盛，三品官家祝氏为了巩固朝中地位攀附权贵，将独生女儿祝英台（杨采妮）许配马氏太守，因为担心无心向学的女儿失礼于人，遂叫她女扮男装来到书院好好进补，因书院均是男儿，祝氏夫人（吴家丽）拜托院长夫人对爱女特别关照。
在书院，祝英台结识出身贫寒但苦心向学的梁山伯，因情义相投，两人相交甚笃，日日相对中，祝英台的女儿身被梁山伯识破，两人相爱。自此梁山伯更加发奋读书，期望取得功名后将祝英台迎娶进门，然而门第的隔膜终难消除。

在每一个城市，深受精神困扰的人在100个里就占9个。精神科医生高静（李心洁 饰）在工作中凡事以病人的健康为重，深得同事喜欢。在书店她与一名男子擦身而过，男子买下她想买的摄影书，高静感觉有些奇妙。
小凯（梁洛施 饰）是高静的病人，从外地休假回来后带高静参加一个摄影展，高静意外地发现摄影中的正是潜水的自己，更意外的，摄影师正是那天在书店遇见的男子，也是小凯的哥哥——考古学家陈国栋（郭晓冬 饰）。国栋将那天买下的书送给高静，二人从此堕入爱河。
为了向高静求婚，国栋和高静、小凯前往与那国岛，潜入海底深处找出藏在那里的钻戒。谁知国栋出事了，只打捞起一具无头的男尸。高静由于太过悲痛而失去了关于那件意外的记忆，小凯对自己态度异常冷淡，高静寻求院长（梁家辉 饰）给自己做催眠，然而催眠之后幻觉更多。

宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚 作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。
洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。

南宋是一个人妖难分的时期，法海和尚（赵文卓 饰）到处收服妖精，也扰乱了在西湖底修炼的白青二蛇。青（张曼玉 饰）曾获白（王祖贤 饰）相救，二者便以姐妹相称。姐妹俩受惑佯装成人生活在民间，白更嫁于老实书生许仙，青也同时看上了许仙，便常常以媚态勾引许仙，无奈许仙只深爱白一个。白开设了药店，以为可以自此过上安定的生活，可许仙却受不了青的百般挑逗，更发现了青白二蛇的真实身份，可他却不舍得离开家中的天姿国色。法海得知了青白二蛇的下落，更抓走了许仙。原来白为了爱情放弃修成正果，更怀有了身孕。为了救回丈夫，二蛇与法海展开了搏斗……