包青天已经成为后世清廉的象征，若追溯到他的青年时代，稍显生涩的包拯（周杰 饰）一心追求着真理，发掘事实真相比功名利禄重要。还在求学准备科举的包拯已是庐州著名的才子，同学中另有一名才子公孙策（任泉 饰）也是一个心高气傲的聪明人，总是想与包拯一较高下。但每次破案都是被包拯抢 先一步，渐渐地被包拯的才智和胆识所折服。而误打误撞认识的凌楚楚（李冰冰 饰）其实背负着血海深仇，当她用计把包拯一行人带到自己从小生活的村庄，以求包拯寻找出当年父亲失踪的真相时，大家对楚楚平日的活泼好动背后故事有了更深的了解。包拯多次得罪权贵，以求真相，日后成为有名的清官在这个时候就已有迹可循。

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……