宦官弄权的明朝末年，苛税与暴政弄得民不聊生。张君宝（李连杰 饰）与董天宝（钱小豪 饰）是一对自幼在少林寺长大的师兄弟，但两人性格迥异，张君宝善良忠厚，董天宝则狡猾阴险，在争夺进入达摩院修行的资格时，两人因与师伯发生争执，被逐出少林。离开少林寺后，两人因志向渐不同而分道扬镳。董天宝贪图荣华富贵去参军，张君宝则与一群仁人志士一起劫富济贫。为求高官，董天宝向大宦官刘瑾出卖大批旧友，一时间血流成河。为替义士报仇，为民除害，张君宝在秋雪（杨紫琼 饰）的帮助下，从其师傅的气功心法中悟出一套武林奇功“太极拳”，开始勤加练习，准备不日与敌手来场血战。

明朝中叶，倭寇不断骚扰东南沿海，东瀛柳生一族辅佐德川家康之余亦要席卷中原武林。于是“东瀛霸刀”柳生（任达华饰）杀入武林、所向披靡，亦要向中原武林第一高手“天剑”独孤无极（刘松仁饰）挑战。独孤无极正要与新婚妻子梦青丝（杨紫琼饰）成亲，却不得不为此事拖延。他向“鬼医”（吴孟达饰）求助，遂用剧毒将自己功力提高数倍。比武之日，独孤无极力战柳生，将其赶走，自己却被体内毒气错乱神经，以致糊涂杀死山庄里无数友人，并气走青丝。青丝自此男装打扮，化名独孤贞，杀尽天下负心人。
鬼医弟子吴通（张卫健饰）为了逃避年纪比他大许多的未婚妻牛娃（郑裕玲饰），成婚当日逃走，巧遇微服出游的天香公主（张曼玉饰）和贴身侍卫（吴君如饰），三人发生争执，此时独孤贞出现解围。而此时镇上却在传言梦青丝在妓院摆出迷魂阵召贤比武的香艳传闻，惊讶的独孤贞于是与吴通一起前去探个究竟......