数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。
此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。
就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。
虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....

　　海底王国的人因不满人类的核武试爆干扰他们，因而派出梅加洛毁灭地上世界，并且控制了人造机器人喷射积格坐向导，不过人类终究夺回了喷射积格的控制权，并且通知了哥吉拉来消灭这只怪兽，没想到海底人连络了外星人，外星人派出盖刚，演变成一场二对二的怪兽大战。

行驶于太平洋上的运输船海龙丸遭遇奇怪的环礁，保险公司的草薙直哉（小野寺昭 饰）和海上保安厅的米森良成（伊原剛志 饰）奉命前去调查。他们在环礁上发现了神秘的碑文和饰品，不久，环礁发生剧烈抖动，俄而竟化作一只巨龟，互相飞向空中。另一方面，位于九州的姫神岛屿大陆失去联系。鸟类学家长峰真弓（中山忍 饰）与刑警大迫力（螢雪次朗 饰）前去寻找失踪的平田教授，却在当地遭遇三只以人类为食的巨型怪鸟。在内阁的授意下，自卫队对怪鸟展开围捕，而就在这个恐慌的夜晚，巨龟也出现在陆地上，与怪鸟展开惊天动地的搏杀……
本片荣获第17届横滨电影节最佳导演、最佳女配角（中山忍）、最佳脚本和最佳技术四项大奖；第19届日本电影学院奖最佳女配角奖；1995年电影旬报十佳影片第6名，也是80年来唯一一部入选旬报十佳的怪兽电影。

楠见博士率领科学队在一座岛上进行实验，实验失败使岛上的昆虫巨大化，此时一颗巨蛋出现在岛上，而哥斯拉又从海上出现，似乎是为了保护那颗蛋而来，科学对如何在此种情况中将实验完成并且逃离怪兽魔掌呢？

黑洞第三行星的人对机械哥吉拉进行改良，并且拉拢一位天才科学家真船信三博士，控制恐龙型怪兽泰坦龙来一起毁灭地球，国际刑警组织和哥吉拉将如何对付这个强大的邪恶军团？

影片为庆祝哥斯拉诞生70周年的纪念作品，也是东宝第30部哥斯拉大作。故事设定在二战后的日本，哥斯拉的出现仿佛要给已经变得一无所有（归0）的日本再添一击，将这个国家打到负值（负1.0）。